使用 conda 环境在 qsub 中运行作业答案

【问题标题】：Using a conda environment to run a job in qsub使用 conda 环境在 qsub 中运行作业
【发布时间】：2021-02-05 22:58:27
【问题描述】：

我想使用qsub 提交一个运行一些使用 Numpy 的 Python 代码的作业。 Numpy 安装在我登录集群时激活的 conda 虚拟环境中，如果我只需在 Python 命令行解释器中调用 import numpy 就可以导入它。

但是，当我使用 qsub 提交作业时，它会尝试在不使用该环境的情况下运行作业。经过一些测试，如果我使用 -V 选项传递所有变量，我似乎可以让 qsub 在正确的环境中运行。

但是，这会混淆脚本的其他部分。如果我可以只传递让qsub 在正确的环境中运行所需的内容，那就更好了。我该怎么做？

附： here 提出的解决方案对我不起作用；错误是Unable to locate a modulefile for 'numpy'。我假设它不在当前路径中，但我不确定它在哪里。

【问题讨论】：

您可以使用conda run -n my_env python my_script.py 在特定环境中运行脚本。这是你需要的吗？
感谢您的建议！当时，无法识别命令 conda，因为它不在路径中。这已通过以下解决方案中的第一行修复。请原谅我不记得早点跟进。如果您的解决方案也有效，我不会感到惊讶。
这可能也可以通过在脚本中使用#!/bin/bash -l shebang 来解决。

【解决方案1】：

我现在有一个解决方案。在使用qsub 提交的脚本中，我添加了两行让它重新加载环境。

source [Intel Parallel Studios script that sets up conda environment variables]
source activate my_root

【讨论】：