Snakemake 的 MissingOutputException

Question

我遇到以下问题： 我的 Snakemake 程序无法识别我的 python 脚本生成的输出。我都尝试了，将输出写入标准输出，然后从那里写入正确的输出文件，然后直接从 python 脚本（以下版本）写入。

将--latency-wait 设置为 600 也无济于事。 其他用户报告说运行ls 有帮助，我在等待延迟时尝试过，但这也无济于事。 此外，当再次运行时，snakemake 想要再次运行所有输入文件，尽管一些输出文件已经存在。 有没有人建议我还能尝试什么？ 这是我正在使用的蛇形命令：

snakemake -j 2 --use-conda

下面是我的蛇文件：

import os

dir = "my/data/dir"
cell_lines = os.listdir(dir)
files = os.listdir(dir+"GM12878/25kb_resolution_intrachromosomal")
chromosomes = [i.split("_")[0] for i in files]

rule all:
        input:
                expand("~/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv", cell_lines = cell_lines, chromosomes = chromosomes)

rule tad_calling:
        input:
                "my/data/dir/{cell_lines}/25kb_resolution_intrachromosomal/{chromosomes}_25kb.RAWobserved"

        output:
                "~/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv"

        benchmark:
              "benchmarks/{cell_lines}_{chromosomes}.txt"

        conda:
                "my_env.yaml"

        shell:
                """
                python ~/script.py {input} {output}
                """

Answer 1

我认为问题出在波浪号（~）上，snakemake 不会扩展这些（或例如 $HOME）。它将这些作为文字路径。你可以这样做：

from pathlib import Path
home = str(Path.home())

rule tad_calling:
    ...
    output:
        f"{home}/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv"
    ...