Snakemake 和 sbatch

【问题标题】：Snakemake and sbatchSnakemake 和 sbatch
【发布时间】：2021-01-23 16:49:16
【问题描述】：

我有一个 Snakefile，它有一个发送 7 个不同 shell 命令的规则。我想在sbatch 中运行这些 shell 命令中的每一个，并且我希望它们在不同的 slurm 节点中运行。现在，当我在 Snakemake 规则的 shell 命令中包含 sbatch 时，我没有得到所需的输出文件，因为它需要一段时间才能运行，并且当 sbatch 返回时，命令仍在运行。我认为 Snakemake 认为我没有所需的输出文件，因为它认为在提交的作业完成之前命令“完成执行”。

如何使用 Snakemake 文件中的 sbatch 命令在一个 slurm 节点中提交每个规则

【问题讨论】：

标签： slurm snakemake sbatch

【解决方案1】：

我怀疑你正在做的是：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        sbatch [sbatch-options] "some-command-or-script"
        """

你想要的可能是：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        some-command-or-script
        """

被执行为

snakemake --cluster "sbatch [sbatch-options]"

通过这种方式，每条规则都会将其作业发送到集群，并且snakemake 会处理它们。如果您希望规则在本地（而不是通过 sbatch）执行其作业，请使用指令 localrule 标记该规则（查看文档了解更多详细信息）

【讨论】：