在 R 中重新创建 Excel 数据透视表 - 表格或 qpvt

Question

这是一个患者数据的示例数据集（实际有大约 26k 行）。

library(pivottabler)
library(tables)
library(tidyverse)

df <- tribble(
  ~Patient, ~Physician, ~Specialty, ~Duration, ~CostWeight,
  1, "A", "Family Medicine", 5, 1.4215,
  2, "A", "Family Medicine", 7, 1.6463,
  3, "B", "Pediatrics", 1, 1.0214,
  4, "B", "Pediatrics", 3, 1.2345,
  5, "B", "Pediatrics", 6, 6.3243, 
  6, "C", "Neurology", 10, 2.5104,
  7, "D", "Dermatology", 0, 1.0424,
  8, "E", "Family Medicine", 2, 1.5234
)

Picture of data.

基本上，我正在尝试在 R 中重新创建 Excel 数据透视表，因为这将每月使用不同的数据集进行，最好插入文件并运行代码来获取数据透视表，而不是比手工做。

我想要一个看起来像 this 的表格。

期望的特性：

• 需要每个专业分组的总行数
• 需要总计行
• 可以使用kable()/kableExtra 包自定义的表

尝试 1

我尝试过使用this example。

tabular(Specialty * (Physician + 1) + 1 ~
          (
            (Count = Patient) +
            (avgDuration = mean(Duration)) +
            (avgCostWeight = mean(CostWeight))
          ), 
        data = df)

但是，我一直收到错误提示

term2table(rows[[i]], cols[[j]], data, n) 中的错误：重复值：专业和医师”。

尝试 2

我也尝试过使用 this post 的 pivottabler 包。

pt <- df %>%
  qpvt(c("Specialty", "Physician"), NULL, c("Discharges" = "n()", 
                                            "avgDuration" = "mean(Duration)", 
                                            "avgCostWeight" = "mean(CostWeight)")
       )

pt$evaluatePivot()
df <- pt$asDataFrame()

df %>%
  kbl()

但是，输出不太理想，因为它将 Specialty 和 Physician 列连接到 one。

有人有线索吗？

Answer 1

您应该查看库DT 以获取长期使用的工具，只需使用几行代码即可构建您正在寻找的最小示例，您可能需要先安装它。

library(DT)
library(tidyverse)

df <- tribble(
  ~Patient, ~Physician, ~Specialty, ~Duration, ~CostWeight,
  1, "A", "Family Medicine", 5, 1.4215,
  2, "A", "Family Medicine", 7, 1.6463,
  3, "B", "Pediatrics", 1, 1.0214,
  4, "B", "Pediatrics", 3, 1.2345,
  5, "B", "Pediatrics", 6, 6.3243, 
  6, "C", "Neurology", 10, 2.5104,
  7, "D", "Dermatology", 0, 1.0424,
  8, "E", "Family Medicine", 2, 1.5234
)

#getting count
df %>% 
  group_by(Specialty) %>% 
  count()

#creating table
datatable(df_grouped, filter = 'top', options = list(
  pageLength = 5, autoWidth = TRUE
))

计数过滤器获取数据透视表中的计数，然后 DT 表是动态的并且可以过滤