在单个函数中结合 S4 和 S3 方法

Question

什么是定义通用函数的好方法，它应该具有 S3 和 S4 类的实现？我一直在使用这样的东西：

setGeneric("myfun", function(x, ...){  
    standardGeneric("myfun");
});

setMethod("myfun", "ANY", function(x, ...) {
    if(!isS4(x)) {
        return(UseMethod("myfun"));
    }
    stop("No implementation found for class: ", class(x));
});

这成功了：

myfun.bar <- function(x, ...){
    return("Object of class bar successfully dispatched.");
}
object <- structure(123, class=c("foo", "bar"));
myfun(object)

是否有移动“本地”方式来完成此任务？我知道我们可以使用setOldClass 为 S3 类定义 S4 方法，但是这样我们就失去了 S3 方法的调度，以防一个对象有多个类。例如。 （在干净的会话中）：

setGeneric("myfun", function(x, ...){  
    standardGeneric("myfun");
});

setOldClass("bar")
setMethod("myfun", "bar", function(x, ...){
    return("Object of class bar successfully dispatched.");
});

object <- structure(123, class=c("foo", "bar"));
myfun(object)

这失败了，因为object 的第二类，在本例中为bar，被忽略了。我们可以通过在foo 和bar 之间定义正式的S4 继承来解决这个问题，但是对于我的应用程序，我更希望myfun.bar 能够在具有bar 类的S3 对象上开箱即用。

不管怎样，事情变得一团糟，我想这是一个常见的问题，所以可能有更好的方法来做到这一点？

Answer 1

?Methods 的“S3 泛型函数的方法”部分建议使用 S3 泛型、用于 S4 类的 S3 样式方法以及 S4 方法本身。

setClass("A")                    # define a class

f3 <- function(x, ...)           # S3 generic, for S3 dispatch    
    UseMethod("f3")
setGeneric("f3")                 # S4 generic, for S4 dispatch, default is S3 generic
f3.A <- function(x, ...) {}      # S3 method for S4 class
setMethod("f3", "A", f3.A)       # S4 method for S4 class

调度 S3 类需要 S3 泛型。

setGeneric() 将 f3（即 S3 泛型）设置为默认值，而 f3,ANY-method 实际上是 S3 泛型。由于“ANY”位于（某种程度）类层次结构的根部，因此任何不存在 S4 方法的对象（例如 S3 对象）最终都属于 S3 泛型。

帮助页面“方法”中描述了 S4 类的 S3 泛型定义。我认为，大约，S3 不知道 S4 方法，所以如果一个调用 S3 泛型（例如，因为一个在包名称空间中，包知道 S3 f3 但不知道 S4 f3）f3 泛型找不到 S4 方法。我只是信使。