R 在同一个包中使用 s3 和 s4 方法进行模拟答案

【问题标题】：R using s3 and s4 methods of simulate in the same packageR 在同一个包中使用 s3 和 s4 方法进行模拟
【发布时间】：2012-02-11 15:58:24
【问题描述】：

我对这个错误感到困惑

found an S4 version of 'simulate' so it has not been imported correctly

我编写了一个 R 包，其中包含一个将模拟 () 方法定义为 S3 方法的定义。因为已经定义了模拟的泛型，所以我只定义了一个模拟.myclass（在我的例子中是simulate.fitContinuous）。

该软件包还依赖于另一个具有 S4 版本模拟的软件包。加载我的包时，我收到上面的 S4 版本错误。我不确定是什么导致了错误。

抓取package from github的可重现示例，或者做

require(devtools) 
install_github("pmc", "cboettig")
require(pmc)

要从头开始重现此错误：使用最少的说明文件创建一个新包。包括说明进口：哎哟。创建一个 NAMESPACE 并添加 imports(ouch) 和 S3method(simulate, test)。创建 R 目录，添加一个简单的 R 脚本（我已经包含了 roxygen 文档，它将生成我刚才提到的 NAMESPACE，但是这个错误也可以在没有 devtools/roxygen 的情况下创建）：

#' simulate
#' 
#' a test for s3/s4 conflicts
#' @param object who cares?
#' @param nsim guess.
#' @param seed yup
#' @param ... other parameters we will just ignore
#' @return something
#' @method simulate test
#' @S3method simulate test
#' @import ouch
simulate.test <- function(object, nsim = 1, seed = NULL, ...){
  message("This test worked")
}

安装包（如果你愿意，先用 devtools 记录），你会得到错误。

到目前为止，我最好的解决方案是从 NAMESPACE 中删除 S3method 行，并改为导出完整的函数模拟.test。这将通过检查并在没有警告的情况下安装，但显然是一个较差的解决方案。

另一种解决方案是在依赖项和导入项中添加 ouch，并正确记录 S3 方法（如上）。然后一切都按预期工作，但警告消息仍然存在。

【问题讨论】：

请注意，使用依赖而不是导入，并保持 S3method(simulate, test) 行不会产生任何错误，但也不会产生正确的行为。

标签： r devtools roxygen s4

【解决方案1】：

simulate 是在stats 中定义的 S3 泛型，因此根据“编写 R 扩展”的第 1.6.2 节（示例不清楚——base 中定义的泛型有例外）您的NAMESPACE 文件应该有

importFrom(stats, simulate)
S3method(simulate, fitContinuous)

关于“找到 S4 方法”的业务似乎反映了问题何时被发现——尝试将 S4 方法添加到不可见的 S3 泛型（我猜“它”指的是泛型 simulate )。

【讨论】：

在我的命名空间中导入的“ouch”包使 stats 成为 s4 方法，这给了我这个错误。在不加载 ouch 的情况下尝试 showMethods("simulate")，你会被告知它不是 s4 方法。加载库（哎哟）； showMethods("simulate") 然后模拟现在是 S4 方法。不知道如何解决这个问题，s4 错误消息仍然存在。
我的回答好像不正确，也没有立竿见影的解决办法；对不起，错误信息。我推测一种解决方法是选择性地 importFrom ouch（而不是导入模拟），或者在模拟上定义一个 S4 方法，但这些都不是必需的，IMO。
嗯。 ouch 包已经定义了一个模拟 s4 方法。我需要使用那个包的模拟方法，所以导入它不是一个选项...