R biomaRt 包：获取链接数据库中的所有值

Question

一个生物信息学编程问题。在 R 中，我有一个经典的 speciesA 到 speciesB 基因符号转换，在这个例子中是从小鼠到人类，我使用 biomaRt 执行，特别是 getLDS 函数。

x<-c("Lbp","Ndufv3","Ggt1")
require(biomaRt)
convert<-function(x){
        human=useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
        mouse=useMart("ensembl",dataset="mmusculus_gene_ensembl")

    newgenes=getLDS(
        attributes="mgi_symbol",
        filters="mgi_symbol",
        values=x,
        mart=mouse,
        attributesL="hgnc_symbol",
        martL=human,
        uniqueRows=TRUE
    )
    humanx<-unique(newgenes)
    return(humanx)
}
conversion<-convert(x)

但是，我想获取链接数据库中存在的所有 id：换句话说，所有鼠标/人类对（在此示例中）。告诉 getLDS 函数中的参数 value 来检索 all id，而不仅仅是在 x 变量中指定的那些。我说的是一张完整的地图，数万行长，指定两个数据库的符号之间的所有直系同源关系。

有什么想法或解决方法吗？非常感谢！

Answer 1

我相信一种解决方法可能是从 Biomart 数据库本身检索所有 ID，此处：https://www.ensembl.org/biomart/martview/

• 点击选择数据库 -> Ensembl Genes
• 选择数据集 -> 您选择的物种（例如小鼠基因）
• 点击结果 -> 勾选“仅唯一结果” -> 前往
• 利润

这里检索到的列表目前有 53605 个 id，我相信这正是您所需要的。

享受吧！