biomaRt R包中如何使用NCBI基因数据库答案

【问题标题】：How to use NCBI gene database in biomaRt R packagebiomaRt R包中如何使用NCBI基因数据库
【发布时间】：2017-12-23 03:01:45
【问题描述】：

我不是 R 方面的专家，但我正在尝试学习如何使用 biomaRt 包来查找位于我感兴趣区域的基因。

我已经成功地使用带有以下代码的 ensembl 数据集生成了一个有效的输出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position",
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"),
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道“entrezgene”对应于 NCBI 基因 ID，但我想从 NCBI 获得 GENE NAME。

有没有办法使用连接到 NCBI 数据库的 biomaRt 并检索该信息？

先谢谢你了。

【问题讨论】：

标签： r ncbi biomart

【解决方案1】：

输入 listAttributes(mart) 以查看您可以选择的属性列表

关于基因名称，我想您可能想要external_gene_id，但也有其他基因名称选项。

【讨论】：

谢谢！我试过external_gene_id，但我可能搞砸了。现在它可以按我的意愿工作了。