使用 glm 进行多重插补（小鼠）：“对 'which' 的论证不合逻辑”答案

【问题标题】：Multiple imputation (mice) with glm: "argument to 'which' is not logical"使用 glm 进行多重插补（小鼠）：“对 'which' 的论证不合逻辑”
【发布时间】：2020-11-14 19:23:14
【问题描述】：

我应该成功地使用mice 对数据框进行多重插补。我现在想在该数据集上运行 glm。我的结果变量是“MI”，我的自变量是“高血压”和“糖尿病”。我试过了：

dat <- mice(regression)
model <- which(dat, glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial"))

但我收到以下错误：

其中的错误（dat，glm（MI ~ 高血压 + 糖尿病，家庭 = “二项式”））：
'which' 的论点不合逻辑。

有人知道这是为什么吗？

【问题讨论】：

对不起，我没有提到这一点......如果我运行你的代码，我会得到：'Error cannot coerce class'"mids"' to a data.frame'。
which() 在这里用错了。 which() 用于输出所有“TRUE”条件的索引号，例如询问“从 11 到 15 的哪些数字小于 13？” （即which(11:15 < 13)），你会得到 1 和 2，因为 11:15 中的第一个和第二个数字小于 13，即 TRUE 和其余 FALSE）。您需要在 which() 中提供一个逻辑对象——即 TRUE 或 FALSE。
我认为您想使用with() 而不是which()。

标签： r glm imputation r-mice

【解决方案1】：

我认为您遇到错误是因为您使用的是which() 而不是with()。 which() 是一个函数，它会询问（用外行的话来说）“哪些这些值是真的？”你必须指定一些可以是真或假的东西。

with() 是一个类似于“使用这个数据集，评估其中的某些东西”的函数。您必须提供某种数据环境（例如，列表、数据框），并使用内部的向量，而无需再次命名该数据环境。

with() 可以像这样与mice 包一起使用：

# example data frame
set.seed(123)
df <- data.frame(
    MI = factor(rep(c(0,1),5)), 
    Hypertension = c(rnorm(9), NA), 
    Diabetes = c(NA, rnorm(9)))

# imputation
library(mice)

dat <- mice(df)

with(dat, glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial"))

with(dat, glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial")) 向您显示dat 中每个插补的 glm() 输出。 mice() 默认进行五次插补。

glm.mids() 的替代方案

为什么glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial", data = dat) 不起作用？它给出了一个错误，“错误不能将类‘mids’强制转换为 data.frame”，因为估算的 dat 不是数据帧。

相反，mice 具有运行 glm() 与多变量插补数据（“mids”）的功能，glm.mids()：

#glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial", data = dat) # it does not work

glm.mids(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial", data = dat) # it works

with(dat, glm(MI ~ Hypertension + Diabetes, family = "binomial")) # does the same thing

编辑备注

当您在使用mice 包时使用with()，我认为它实际上是从mice 包的“with.mids”中调用with()，这允许您将with() 与mice 包的“mids”数据类一起使用.它取代了glm.mids()。详情见这里：https://rdrr.io/cran/mice/man/with.mids.html

【讨论】：