在 Python 中将 3D 数组保存到一堆 2D 图像中答案

【问题标题】：Save 3D array into a stack of 2D images in Python在 Python 中将 3D 数组保存到一堆 2D 图像中
【发布时间】：2019-03-18 19:45:35
【问题描述】：

我制作了一个由数字（0~4）组成的 3D 数组。我想要的是将 3D 数组保存为一堆 2D 图像（如果可能，保存 *.tiff 文件）。我该怎么办？

import numpy as np

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')

【问题讨论】：

标签： python arrays numpy save

【解决方案1】：

其实我做到了。这是我的代码。使用此代码，我不需要堆叠一系列 2D 图像（数组）。制作一个 3D 数组，然后保存。这正是我为此所做的。

import numpy as np
from skimage.external import tifffile as tif

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')
tif.imsave('a.tif', a, bigtiff=True)

【讨论】：

【解决方案2】：

这应该可行。我还没有测试过它，但是我已经使用这种方法将彩色图像分成了 RGB 切片，并且它应该在这里以几乎相同的方式工作，假设您不想先对这些像素值做任何事情。（它们将非常接近图像中的相同颜色）。

import imageio
import numpy as np

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')
for i in range(100):
    newimage = a[:, :, i]
    imageio.imwrite("path/to/image%d.tiff" %i, newimage)

【讨论】：

【解决方案3】：

“堆栈”到底是什么意思？当您将 tiff 称为输出格式时，我假设您希望您的数据在一个文件中作为多帧 tiff。
这可以通过imageio 的mimwrite() 函数轻松完成：

# import numpy as np
# a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
# a = a.astype('int8')

import imageio
imageio.mimwrite("image.tiff", a)

请注意，此函数依赖于将多个帧的计数器作为第一个参数，然后是 x 和 y。另见其documentation。

但是，如果我错了，并且您想要有 n 个（例如 100 个）单独的 tif 文件，您也可以在循环中使用普通的 imwrite() 函数：

n = len(a)
for i in range(n):
    imageio.imwrite(f'image_{i:03}.tiff', a[i])

【讨论】：