在具有限制和大数据的熊猫中运行总和答案

【问题标题】：running sum in pandas with restriction and big data在具有限制和大数据的熊猫中运行总和
【发布时间】：2015-04-24 20:41:51
【问题描述】：

我有一个巨大的面板数据，超过 10 GB。数据如下所示：

ID    Start_time  Factor  End_time
1001     1611      0.12   1861
1001     1612     -0.01   1862
...
1001     1861      0.57   2111
1001     1862      0.06   2112
...
1002     1200      0.01   1450
1002     1201      0.52   1451
...
1002     1450     -0.21   1700
1002     1451      0.30   1701
...

数据按 ID 和 Start_time 值排序。我想计算从 Start_time 到相应 End_time 的每个 ID 的 Factor 总和。

输出示例：

ID    Start_time  Factor  End_time  Cumulative_factor
1001     1611      0.12   1861      0.12+(-0.01)+...+0.57
1001     1612     -0.01   1862      -0.01+...+0.57+0.06
...
1001     1861      0.57   2111      0.57+0.06+...
1001     1862      0.06   2112      0.06+...
...
1002     1200      0.01   1450      0.01+0.52+...+(-0.21)
1002     1201      0.52   1451      0.52+...+(-0.21)+0.30
...
1002     1450     -0.21   1700      -0.21+0.30+...
1002     1451      0.30   1701      0.30+...
...

由于我有超过 1000 万个观察值，有没有一种有效的方法来计算它？

【问题讨论】：

你能显示你想要的输出吗？
以下文章演示了如何计算一个太大而无法放入内存的 pandas DataFrame：plot.ly/ipython-notebooks/…
由于数据已经排序，看起来像End_time-Start_time == 250，你可以试试滚动窗口总和？
谢谢@JohnGalt，是的，但这只是数据的一部分，它们中的大多数仍然有不同的窗口。
@JulienSpronck，输出示例是我想要的输出，如果您还需要更多内容，请告诉我？

标签： python pandas bigdata dataframe

【解决方案1】：

注意：这部分是一个反转的cumsum，不幸的是，cumsum（和朋友）没有kwarg参数来反转，我认为这可以很好地增强。

不过，您可以使用 iloc 非常便宜地反转 DataFrame：

df.iloc[::-1].cumsum().iloc[::-1]

这与当前打开/关闭票证的问题非常相似。与其逐行执行此操作，不如在组中分两次执行此操作。总结开放票，从封闭票中减去它们（减法得到当前开放票）。

In [11]: df
Out[11]:
     ID  Start_time  Factor  End_time
0  1001        1611    0.12      1861
1  1001        1612   -0.01      1862
2  1001        1861    0.57      2111
3  1001        1862    0.06      2112

现在，我们可以做的是向上cumsum和向下cumsum，并取差：

In [12]: open = df.set_index("Start_time")["Factor"].cumsum()

In [13]: closed = df.set_index("End_time")["Factor"].cumsum()

In [14]: open.sub(closed, fill_value=0)
Out[14]:
1611    0.12
1612    0.11
1861    0.56
1862    0.63
2111   -0.68
2112   -0.74
Name: Factor, dtype: float64

这不是你想要的，但应该会让你朝着正确的方向前进。

【讨论】：

是的，我认为你的方法解决了部分问题，即如果时间间隔相同，那么我可以使用这种方法。谢谢
@Brad 我想我在上面说过，我不认为你在这里真正想要什么很清楚。在我看来，这与这个例子非常相似。 “差距”在哪里？

【解决方案2】：

对不起，如果我在这里遇到了一个聪明人。 “大数据”是按定义不适合内存的数据，10GB 可以。这也意味着根据定义，pandas 无法处理“大数据”，因为它在内存中完成所有操作。

处理大数据问题的正确方法是使用 map/reduce。您遇到的问题可以通过 map/reduce 轻松解决。由于您的数据已经按照您所说的 start_time 进行了排序，因此您可以轻松地通过 reducer 将其流式传输以获取每个 start_time 的 cumsum。

如果这对你来说听起来像是黑魔法，别担心，它不是。

如果您还没有数据，请将其保存为 CSV，gzip 以制作它可以通过 zcat 流式传输。
写一个reducer，只是一个python文件，连续读取标准输入。
继续对单个变量中的数据求和
每次键更改时打印该变量
zcat 文件，使用 |去看看它是否能做你想做的事，并继续开发它，直到它符合你的目的。

这应该为您提供基本功能，并且此方法是您可以使用的最节省内存的方法，因为它实际上从未将整个文件保存在内存中，一次只保存一条记录。

如果您不熟悉 unix 流，这一切都会让您大吃一惊，您很快就会爱上它。

TLDR; Pandas 是错误的工具，请阅读 Map/Reduce

【讨论】：