无法在 R 2.15.2 Windows 中安装 bigmemory 库答案

【问题标题】：Cannot install bigmemory library in R 2.15.2 Windows无法在 R 2.15.2 Windows 中安装 bigmemory 库
【发布时间】：2013-05-23 17:44:47
【问题描述】：

我正在做一些分析，需要我从 7000x182 数组计算距离矩阵（现在是欧几里得，以后可能是 Mahalanobis），这将产生一个 7000x7000 矩阵（假设我也采用矩阵的上半部分） .

z <- as.matrix(dist(training.data[1:7000,], diag=TRUE, upper=TRUE))

我遇到的问题是我不断收到“无法分配向量...”警告。我已经阅读了足够多的内容，知道 R 无法在我的 PC 上分配足够的连续内存来执行该操作。我的 PC 有 3GB 的 RAM，尽管我尽了最大努力或 rm()'ing 对象，使用 gc()，通过 memory.limit(size=####) 增加我对 R 的内存分配，但它不起作用。

我喜欢我所读到的关于 bigmemory 库的内容；但是，当我尝试安装它时，我收到一条警告，指出它在 R 2.15.2 上不可用。我在这里错过了什么吗？有没有解决的办法？我已经阅读了其他一些用于管理大数据的 R 工具，但没有一个像 bigmemory 这样适合我的任务。

【问题讨论】：

什么操作系统？ cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/index.html 指出 Windows 二进制文件不可用，并建议您从源代码编译。如果您安装了开发工具（谷歌“Rtools”），那么install.packages("bigmemory",type="source") 应该可以工作......
我很抱歉。我以为我在帖子中输入了 Windows XP SP3。哎呀！我确实在 bigmemory 文档中看到了这一点。我只是从来没有这样做过。我在家里使用 Linux，所以我从来没有遇到过这个问题。我明天上班试试。谢谢。
好的，所以我尝试为 RTools 下载最新的 .exe。不幸的是，由于我的工作笔记本电脑基本上被 IT 锁定，我无法编辑包含我的 R\bin 目录的路径。尽管如此，我还是下载了用于 bigmemory 的 tarball 并尝试使用 RCMD --build bigmemory_4.4.3.tar.gz。我得到一个错误，它是一个仅限 UNIX 的包。有什么想法吗？ RCMD 可以在没有 Rtools 的情况下工作吗？
不知道。问维护者？

标签： r bigdata r-bigmemory

【解决方案1】：

我之前在 Windows 上使用过 bigmemory，看来我可以使用它的唯一 R 版本是 2.15.3（它应该可以通过标准调用 install.packages 轻松安装）。升级到 R 3.0.x 后，windows 的 bigmemory 支持似乎“暂时中止”（参见http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/NEWS）。我也无法让它在 R 2.15.2 或更早版本上运行；我总是遇到你提到的错误。

我的解决方案是在我的 Windows 机器上安装 R 2.15.3 和最新版本的 R。我将 R 2.15.3 用于 bigmemory 并在不使用时切换回 R 3.1.0。这很痛苦，但大内存是值得的 :)

【讨论】：

【解决方案2】：

对我来说这是可行的：

install.packages(c("BH","biglm"))
library(devtools)
devtools::install_github('kaneplusplus/bigmemory')
library(bigmemory)

PS 你也可以在 Windows 上安装 library(Rdsm) 使用

devtools::install_github('tomwenseleers/Rdsm')
library(Rdsm)

【讨论】：