未找到 R 安装 2.15.2 Renvirons，Ubuntu 12.10 x64答案

【问题标题】：R install 2.15.2 Renvirons not found, Ubuntu 12.10 x64未找到 R 安装 2.15.2 Renvirons，Ubuntu 12.10 x64
【发布时间】：2013-02-12 00:06:15
【问题描述】：

Ubuntu 12.10 x64，R 2.15.2

我很茫然，我已经安装了很多次 R，安装时从来没有遇到过丝毫问题。但是，这一次当我启动程序时（通过使用 GUI 或在终端中键入“R”）我得到了这个；

找不到系统 Renviron 错误：.onLoad 在 loadNamespace() 中失败对于'utils'，详细信息：调用：选项（op.utils [toset]）错误： “编辑器”的值无效

R 版本 2.15.2 (2012-10-26) -- “不给糖就捣蛋” 版权所有 (C) 2012 R 统计计算基金会 ISBN 3-900051-07-0 平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）

R 是免费软件，绝对不提供任何担保。你是欢迎在特定条件下重新分发。输入“许可证（）” 或 'licence()' 了解分发详情。

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错误：'utils' 的 loadNamespace() 中的 .onLoad 失败，详细信息：
调用：选项（op.utils [toset]）错误：“编辑器”的值无效另外：警告信息：包“方法”在未找到选项（“defaultPackages”）错误：.onLoad 失败 'utils' 的 loadNamespace()，详细信息：调用：options(op.utils[toset]) 错误：“编辑器”的值无效另外：警告消息：未找到选项（“defaultPackages”）中的包'utils'错误： 'utils' 的 loadNamespace() 中的 .onLoad 失败，详细信息：调用：选项（op.utils [toset]）错误：“编辑器”的值无效另外：警告消息：包'stats'在启动期间未找到选项（“defaultPackages”） - 警告消息：未找到选项（“defaultPackages”）中的包“方法”

没有任何效果，没有找到任何包。我从未接受过任何有关如何使用 Ubuntu 的培训，但据我所知，我缺少推荐的 R 软件包。

我尝试使用终端和 Synaptics 包管理器完全删除 R，然后从 CRAN 服务器重新下载（对于我的互联网连接而言，下载速度似乎太快），然后重新安装。相同的消息。我很茫然。

【问题讨论】：

你是如何安装 R 的？你指的是什么GUI？您是否按照cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html 的说明进行操作？
按照 CRAN 网站上的说明，我使用本地镜像 link 添加了 Quantal 的存储库，然后运行 sudo apt-get update，然后运行 sudo apt-get install r-base 我在想可能缺少一些依赖项？
尝试卸载 R，然后sudo rm -r /etc/R/ 然后重新安装 R。

标签： r installation package ubuntu-12.10

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题，设置 EDITOR 环境变量为我解决了这个问题。

试试例如

EDITOR=vim R

如果可行，请输入该行

export EDITOR=vim

在 ~/.profile 的末尾

编辑：问题的根源在于 R 没有读取 /etc/R/Renviron。正如 Dirk 在他的回复中评论的那样，

sudo chmod 644 /etc/R/Renviron

解决问题

【讨论】：

感谢您的跟进。这已在最新的 Debian R 软件包中得到修复，该软件包也应在适当的时候作为 Ubuntu 端口传播到 CRAN。
非常感谢 Tomas，这就像一个魅力！我开始担心我需要在家里的电脑上重新安装 Ubuntu 或回到 Windows！
@AlaskaKraska 您需要更好的调试技能。当单个包损坏时，您无需离开操作系统。如果包的单个版本失败，它可以帮助查看进行了哪些更改。那会导致您进入 /etc/R/Renviron ，我被要求以不同的方式创建它——因此（意外）错误的模式。
太棒了。为我工作。
这个解决方案的第一部分（在 EDIT 之前）在 kate 中使用 debian KDE 为我工作。 R 从 konsole 开始很好，但不是从嵌入 kate 的终端开始。谢谢

【解决方案2】：

错误似乎如下：

error: invalid value for 'editor'

您可以尝试在终端中输入以下内容以了解您的EDITOR 环境变量当前的值是什么：

echo $EDITOR

也许您应该能够从命令行启动 R，例如：

EDITOR="" R

【讨论】：

echo $EDITOR 不会在终端中打印出任何内容。我之前应该输入其他内容吗？还是我应该在 R 目录中？
如果没有打印出来，应该是没有设置变量。但是，它不应该是阻止 R 启动的问题。我认为EDITOR="" R 也不起作用？

【解决方案3】：

但它在到达editor 之前就开始变得很糟糕——它似乎无法加载您保存的环境。可以试试吗

 R --no-restore-data

甚至

 R --vanilla

不用说，它对我有用，唯一的配置更改是在 Java 堆栈中（请参阅 Changelog 文件）。

有一个专门的列表 r-sig-debian 用于 Debian 和 Ubuntu 软件包，您可以在其中找到我（Debian 软件包）、Johannes（Debian 反向移植，可通过 CRAN 获得）和 Michael（Ubuntu 构建，可通过 CRAN 获得）。我倾向于在我的 Ubuntu 机器上运行 Michael 的软件包并且没有遇到问题。

【讨论】：

R --no-restore-data 和 R --vanilla 产生与以前相同的结果。我试过删除 R 并重新安装它，但它也没有做任何事情。我不知道该怎么办。
可能是我刚刚修复的bugs.debian.org/701774：试试sudo chmod 644 /etc/R/Renviron。否则：不知道。适用于我所有的 Ubuntu 机器。
我不确定是你还是 Tomas 最先回答了 sudo chmod 644 /etc/R/Renviron 修复，但它有效，所以谢谢！

【解决方案4】：

我在安装 R 和 RStudio 后也遇到了这个问题。他们都出现了和你一样的问题。我在 /etc/R 中找不到 .Renviron。然后我在互联网上搜索，发现我应该使用这个文件为我的 R 设置环境。所以我需要做的就是新建一个“.Renviron”文件并写入它正确。幸运的是，我在 /etc/R 中找到了一个名为“Renviron.site”的文件，在其中我找到了几行 cmets：

   # ## Example .Renviron on Windows
   # R_LIBS=C:/R/library
   # MY_TCLTK="c:/Program Files/Tcl/bin"……

我想这对编写我的 .Renviron 文件很有用。所以我在终端写了这些：

sudo gedit /etc/R/.Renviron .Renviron 文件由 gedit 自动创建和打开。稍后我复制

R_LIBS=~/R/library

PAGER=/usr/local/bin/less

R_DEFAULT_PACKAGES='utils,grDevices,graphics,stats'

进入.Renviron文件并保存。RStudio正常工作！

【讨论】：