RStudio 在启动时找不到我的库答案

【问题标题】：RStudio can't find my library on startupRStudio 在启动时找不到我的库
【发布时间】：2013-01-07 18:01:39
【问题描述】：

几周前我在RStudio support forums 上问过这个问题，但那里没有解决，所以我在这里尝试。

我在 Windows 7 和 R 2.15.2 上使用 RStudio 0.97.248（当前版本）。

当我打开 RStudio 时，在正常的 R 版本信息之后，出现两个错误：

Error in packageVersion("knitr") : package ‘knitr’ not found  Error in
packageVersion("Rcpp") : package ‘Rcpp’ not found

但我可以使用require() 毫无问题地加载这两个包。（也就是说，在启动 RStudion 的错误之后，我可以输入 require(knitr) 和 knitr 将成功加载。真正的问题是我不能使用，例如，R Markdown 文档上的 Knit HTML 命令，甚至手动加载knitr后。如果我用require(knitr)加载knitr，然后打开一个新的R Markdown文档（RStudio默认为一个不错的模板），保存它并尝试编织HTML，RStudio给我一个小错误R Markdown 文档顶部的消息

R Markdown 需要 knitr 包（0.5 或更高版本）

我假设 RStudio 没有查看正确的库路径。

> .libPaths()
[1] "\\\\gregorp.homedir.nebula.washington.edu/homes/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                               
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

第一个条目是我可以安装包的地方（以及我的Rcpp 和knitr 安装位置）。我想我和this guy 有同样的问题，但讨论不连贯。

我尝试添加该行

.Library.site <- "\\\\gregorp.homedir.nebula.washington.edu/homes/R/win-library/2.15"

到我的R-2.15.2/etc/ 文件夹中的Rprofile.site 文件，但问题仍然存在。

【问题讨论】：

如果你更新这两个包你会怎样？
如果您将 RStudio 退出循环，并从命令行运行 R 会怎样？
@Spacedman 从命令行（或 R GUI）require(knitr) 或 require(Rcpp) 工作得很好。即使在 RStudion 中，显式输入这些命令也可以正常工作。但是，如果我尝试在 RStudio 中 Knit HTML 一个 R Markdown 文档，即使在使用 require(knitr) 成功手动加载 knitr 之后，我也会收到“R Markdown 需要 knitr 包”的错误消息。（编辑以将此信息添加到问题中。）
@agstudy 我的包是最新的。

标签： r rstudio

【解决方案1】：

我决定从头开始，我重新安装了 R 和 RStudio，并删除了我的旧库。

一个有风险的选择是以管理员身份运行 R（或 RStudio）——这允许我安装到默认库中，从而避免了使用单独库的问题。

在较新版本的 RStudio 中，我使用单独的库没有问题，在我的 Rprofile.site 文件中指定站点库。

【讨论】：