从源代码编译 R：如果直接启动，RStudio 找不到库答案

【问题标题】：Compiling R from source: RStudio doesn't find the libraries if started directly从源代码编译 R：如果直接启动，RStudio 找不到库
【发布时间】：2021-09-06 11:52:51
【问题描述】：

我已经针对英特尔 MKL 从源代码编译了 R 4.1.0。

我已经放了：

source /opt/intel/oneapi/mkl/latest/env/vars.sh intel64

在~/.bashrc.

如果我用 RStudio 打开一个.R 文件，没问题。

但是如果我直接打开RStudio，就无法正确启动R，报错：

/usr/lib/rstudio/bin/rsession: error while loading shared libraries: libmkl_gf_lp64.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

这是为什么呢？ RStudio直接启动时不运行~/.bashrc吗？

我正在运行 Fedora 34 工作站。

【问题讨论】：

当你说“如果我用 RStudio 打开一个 .R 文件，没问题。” ——你到底是怎么做到的？您使用的是命令行还是某些 GUI？程序通常不会自动运行您的 .bashrc 文件，因为它们通常不会启动新的 shell。您的环境只是从您当前的 shell 继承而来的。
根据您使用的系统类型，您可以简单地通过文件/etc/ld.so.conf.d/local-mkl.conf 并输入您的 MKL 库目录来解决此问题。否则，您可以例如使用我发布的脚本four+ years ago in this GH repo 将 MKL 更新为系统库（通过 .deb 文件，易于干净卸载）。简而言之，这与 R 无关，而仅与您的系统如何（或者更确切地说，不）告诉它的动态链接器这些库在哪里。
@MrFlick 当我说“如果我用 RStudio 打开 .R 文件，没问题”时，我的意思是我双击 nautilus（文件管理器）中的 .R 文件，该文件配置为使用 RStudio 打开它
@DirkEddelbuettel 我在 Fedora 34 工作站上。所以我是基于 .rpm 的。但是为什么打开 .R 文件不会引发问题，而只是从头开始打开 RStudio 会引发问题呢？
我使用/etc/ld.so.conf.d/ 添加本地文件的第一个技巧应该非常适合您。

标签： r rstudio intel-mkl

【解决方案1】：

当共享库存储在“非标准位置”时，我们必须告诉动态链接器。这有时是在调用脚本中完成的（通常是捆绑软件的情况，例如，当您下载 RStudio 时，它附带了相当数量的本地共享库构建），但更通用的解决方案是通过其配置告诉 ldconfig。

旧系统在/etc/ld.so.conf 中每个目录使用一行。较新的系统通过包含带有条目的小文件的目录来概括这一点（与许多其他配置一样）。因此，您可以创建一个名为/etc/ld.so.conf.d/local-mkl.conf 的文件，并将目录路径放在其中。如果您随后运行 sudo ldconfig，所有应用程序都会知道它——包括 R 和调用 R 的 RStudio。

【讨论】：