Rcpp犰狳中的样本

Question

我目前正在努力使用RcppArmadillo 中提供的 sample() 命令。当我尝试运行下面的代码时，我收到错误 no matching function for call to sample 并且我已经在前面添加了额外的 Rcpp:: 命名空间，因为这在另一个 post 中运行良好。

我还尝试了其他几个容器类，但我总是遇到这个错误。下面是一些产生错误的代码。

任何帮助将不胜感激:)

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadilloExtensions/sample.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix example(arma::mat fprob,
                      int K) {
  int t = fprob.n_rows;
  IntegerVector choice_set = seq_len(K);
  arma::mat states(t,1); states.fill(0);
  arma::rowvec p0(K);
  arma::rowvec alph(K);
  double fit;

  p0 = fprob.row(t-1);
  fit = accu(p0);
  alph = p0/fit;
  states(t-1,1) = Rcpp::RcppArmadillo::sample(choice_set, 1, false, alph)[0];

  return wrap(states);
}

Answer 1

这里是标题中该函数的定义：

    // Enables supplying an arma probability
    template <class T> 
    T sample(const T &x, const int size, const bool replace, arma::vec &prob_){
      return sample_main(x, size, replace, prob_);
    }

请注意，它需要 arma::vec == arma::colvec，而您提供的是 arma::rowvec。因此，如果您将 p0 和 alph 更改为 arma::vec，它应该可以工作。由于缺少样本数据而未经测试...

顺便说一句，同时还有一个Rcpp:::sample() 功能，以防您真的不需要犰狳来完成其他任务。

关于@JosephWood 在 cmets 中提出的性能问题： 我的印象是Rcpp::sample() 和Rcpp::RcppArmadillo::sample() 都是基于do_sample()。所以在大多数情况下它们应该非常相似，但我没有对它们进行基准测试。 R 对于未加权采样而不替换较大数字的更高性能来自hash algorithm，在这种情况下为selected at R level。值得注意的是，R 3.6 将有一种新的采样方法，以消除当前方法中存在的偏差。