错误：无法为（分开的）GRM - GCTA 64/python 分配足够的内存答案

【问题标题】：Error: can't allocate enough memory to (parted) GRM - GCTA 64/ python错误：无法为（分开的）GRM - GCTA 64/python 分配足够的内存
【发布时间】：2020-04-03 22:18:22
【问题描述】：

我正在通过 os.system()（在屏幕中）通过 python 使用 gcta64 处理一些遗传数据。但是，我遇到了内存问题。我的机器是 1 TB 内存的谷歌云虚拟机实例。

第一张图片是我的 htop 截图，第二张是代码/错误截图。你可以清楚地看到我有足够的内存。我也在运行另一个任务，但我不认为这是问题所在。我停止了它并运行了 gcta 任务，但我得到了同样的错误。谢谢，

非常感谢

【问题讨论】：

无论你运行什么都要求 1777GB，这确实超过了 1TB。不确定是什么原因造成的，但您的内存不足，1TB 可能还不够
谢谢@MitchelPaulin。抱歉，我对数字感到困惑（艰难的一天）。我想知道是否有办法使用更少的内存。我买不起超过 1 TB 的机器
也许如果你能对数据进行分块，我对遗传学一无所知，但你能对数据进行分区并对其进行计算吗？

标签： python linux out-of-memory genetics

【解决方案1】：

你可以划分数据使用--make-grm-part n i 其中 n 是折叠数，i 是第 i 次折叠。例如：你想除以 3

--make-grm-part 3 1 ...
--make-grm-part 3 2 ...
--make-grm-part 3 3 ...

您可以连接结果。有关更多信息，请参阅https://cnsgenomics.com/software/gcta/#MakingaGRM 下的 --make-grm-part 讨论。

【讨论】：