如何在R中旋转系统发育节点而不重叠？答案

【问题标题】：How to rotate nodes of phylogeny in R without overlapping?如何在R中旋转系统发育节点而不重叠？
【发布时间】：2016-07-07 20:16:00
【问题描述】：

我正在尝试为我在 R 中的系统发育制作漂亮的数字（我正在努力使用 R 进行分析）。这些树是在 Garli 和 MrBayes 制造的。 Garli（最大似然）树的行为与所有典型的 ape、phytools 和 phangorn 命令一致。我已经为它们提供了颜色、进化枝标签、节点标签等。

但是我的 MrBayes 树没有表现。编辑 - 现在我的另一棵 Garli 树也没有合作。

节点无法正确旋转。我还需要做些不同的事情吗？

这是一个例子：

mbcpart <- read.nexus("acronicta_101_taxa.nex.con.tre")
outgroup <- c("Nacna_malachitis", "Nacna_sugitanii", "Gerbathodes_paupera", "Belciades_niveola", "Moma_kolthoffi", "Moma_alpium")
rmbcpart <- root(mbcpart, outgroup, resolve.root=TRUE)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 175)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 122)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 108)

然后我创建一个新窗口并绘制它。附上两棵树并排。右边是原图，没有旋转。左边的是旋转后的。看起来它们大部分是旋转的，但有一些分类群被拖走或留下。这会导致分支重叠。

有谁知道我可以做些什么来解决这个问题？

【问题讨论】：

提供一个没有“行为”的示例树，以便我们重现您的问题。
如果您可以提供minimal reproducible example，我们可以为您提供帮助。如果您提供树的 newick 字符串，我们可以复制问题并查看是什么原因造成的。
我将我所有的代码都发送给了一个朋友，他无法复制错误 - 使用完全相同的文件和代码，对她来说效果很好。所以......也许这是我正在使用的 R studio 的问题？我想不出它为什么会这样。
这确实可能是 R studio 和 Quartz 的问题。或者，这可能是多分体（例如节点 106）的问题，可以尝试使用tree <- di2multi(multid2di(tree))“解决/取消解决”它们。在这两种情况下，该错误似乎都很奇怪，并且可能源于其他原因。我建议您按照@C_Z_ 的建议分享reproducible example。

标签： r rotation phylogeny ape-phylo

【解决方案1】：

这实际上只是一个包装 hack 的函数，但我建议尝试 phytools::untangle。例如：

library(phytools)
tree<-untangle(tree,"read.tree")

【讨论】：