通过 plink 1.9 及其变体名称将 vcf 中的多等位基因拆分为双等位基因答案

【问题标题】：Split multiallelic to biallelic in vcf by plink 1.9 and its variant name通过 plink 1.9 及其变体名称将 vcf 中的多等位基因拆分为双等位基因
【发布时间】：2021-11-17 09:21:05
【问题描述】：

我正在尝试使用plink1.9 将多等位基因拆分为双等位基因。输入是那个

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

它做了什么：

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

我的期望是：

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

请帮助我按照我的期望制作一个 vcf 或 ped 或映射文件。谢谢。

【问题讨论】：

标签： split bioinformatics genetics vcf-variant-call-format map-files

【解决方案1】：

我使用 bcftools 完成了任务。

https://github.com/samtools/bcftools/issues/1193

【讨论】：