在 bash 中使用可变参数和输入文件名命名输出文件答案

【问题标题】：naming output files using variable parameters and input filenames in bash在 bash 中使用可变参数和输入文件名命名输出文件
【发布时间】：2015-01-14 15:50:55
【问题描述】：

我在子目录中有一系列文件，我想根据输入文件名和用于处理文件的各种参数（模型）循环、处理和命名。

例如像 AG005574、AG004788、AG003854 这样的文件名和像 ATd、PZa、RTK1 这样的参数/模型值，所以我想以像这样的文件结尾 AG005574_ATd AG005574_PZa AG005574_RTK1 AG004788_ATd AG004788_PZa 等等。我遍历子文件夹，运行进程并输出结果，如下所示：

#!/usr/bin/bash

model=$1
for file in $(find /path/to/files/*/ -type f -name 'AG*.fa');
     do output=${model}"_"${file} ;
        process_call --out=$output."tab" --options ../Path/to/model/$1.hmm $file ;
    echo $file
done

我希望能够在命令行上指定模型（因此模型=$1）。但是，我的方法通常不起作用。我可以使用

获得由模型命名的输出

do output=$model ;

但这也只写入最后处理的文件，因为它会覆盖所有其他文件（并且不使用输入文件名）。非常感谢任何帮助/辅导。

【问题讨论】：

一般来说，行尾不需要分号。将output=${model}"_"${file} 替换为output="${model}_${file}"。这些是一般性观察，不是您问题的答案。

标签： bash parameters output filenames

【解决方案1】：

将所有模型名称作为参数传递给脚本：

/path/to/script ATd PZa RTK1

然后

#!/bin/bash    
find /path/to/files/*/ -type f -name 'AG*.fa' | 
while IFS= read -r file; do
    echo "$file"
    for model in "$@"; do
        output="${file%.fa}_$model.tab"
        process_call --out="$output" --options "../Path/to/model/$model.hmm" "$file"
    done
done

如果您已经了解所有模型，则可以将其构建到脚本中：

#!/bin/bash    
models=( ATd PZa RTK1 )
...
    for model in "${models[@]}"; do
...

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为你的问题是当find给出的文件名是：

/path/to/files/xyz/AG002378.fa

您的output 参数变为，对于$1 为ATd，

ATd_/path/to/files/xyz/AG002378.fa

代替：

/path/to/files/xyz/AG002378_ATd

也就是说，您希望删除 .fa，并添加 _ATd。

这方面的经典命令是dirname 和basename：

dir=$(dirname "$file")
base=$(basename "$file" .fa)
output="$dir/${file}_$1"

您可以使用以下技巧：

base_with_suffix=${file##*/}
base=${base_with_suffix%.fa}

不调用外部命令。 dirname 操作也可以：

dir=${file%/*}

但我认为basename 和dirname 更清晰（但我可能会因多年经验而产生偏见，在此期间没有其他选择）。此外，在某些极端情况下，字符串操作表达式不能很好地工作，但命令可以正常工作，但它们不太可能真正影响您的代码。

您的问题并不完全清楚您想要输出什么，但显示的主题的变化应该可以让您解决问题。

【讨论】：

谢谢乔纳森！我会玩这些。