从bash中的输入输出文件名答案

【问题标题】：Output filename from input in bash从bash中的输入输出文件名
【发布时间】：2014-09-08 17:48:13
【问题描述】：

我有这个脚本：

#!/bin/bash
FASTQFILES=~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fastq
FASTAFILES=~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fasta
clear
for file in $FASTQFILES
do cat $FASTQFILES | perl -e '$i=0;while(<>){if(/^\@/&&$i==0){s/^\@/\>/;print;}elsif($i==1){print;$i=-3}$i++;}' > ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/"${FASTQFILES%.*}.fasta"
mv $FASTAFILES ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/db/

done

我正在尝试获取$FASTQFILES 中定义的文件，将.fastq 转换为.fasta，使用与输入相同的文件名命名输出，然后将其移动到新文件夹。例如，~/./DB_files/HELLO.fastq 应该给出转换后的~/./db/HELLO.fasta

问题在于转换的输出是第一个文件夹中名为.fasta 的正确格式的隐藏文件，而不是预期的名为HELLO.fasta 的隐藏文件。所以mv 没什么。我认为我在 ${FASTQFILES%.*}.fasta 参数中搞砸了，但我似乎无法修复它。

【问题讨论】：

标签： bash input output filenames

【解决方案1】：

我看到三个问题：

你的一个问题是你使用cat $FASTQFILES而不是cat $file。
您还需要将该行末尾的 I/O 重定向修复为 > ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/"${file%.fastq}.fasta"。
mv命令需要在循环外执行。

实际上，在一次处理单个文件时，根本不需要使用cat（UUOC — 无用的 Cat）。只需提供 "$file" 作为 Perl 脚本的参数即可。

【讨论】：

非常感谢您的帮助！以下是我使用您的建议解决它的方法。它可能更优雅，但它可以工作......#!/bin/bash FASTQFILES=~/Programss/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fastq FASTAFILES=~/Programss/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fasta clear for file1 in $FASTQFILES do <$file1 perl -e '$i=0;while(<>){if(/^\@/&&$i==0){s/^\@/\>/;print;}elsif($i==1){print;$i=-3}$i++;}' > "${file1%.fastq}.fasta" done for file2 in $FASTAFILES do mv $file2 ~/Programss/ncbi-blast-2.2.29+/db/ done
还不错；您也可以像以前一样将输入重定向到 Perl。您不需要围绕mv 命令的循环；它将一次移动多个文件：mv $FASTAFILES ~/Programss/ncbi-blast-2.2.29+/db/。但是，循环将起作用。文件名中不能有空格，脚本才能正常工作。