用序号更改fasta文件的标题答案

【问题标题】：Change header of fasta file with sequential numbers用序号更改fasta文件的标题
【发布时间】：2016-06-16 12:21:47
【问题描述】：

如何使用 awk/sed/grep 更改文件中更多 fasta 序列的标题，例如：

>chromosome1|2199-2200
----------------------

>chromosome1|3546-3548
----------------------

>chromosome1|6489-6548
----------------------

到这里：

>chromosome1-1|2199-2200
------------------------

>chromosome1-2|3546-3548
------------------------

>chromosome1-3|6489-6548
------------------------

目前我只能在名称的开头或结尾添加一个序列号，例如：

awk '/^>/{gsub(/^>/,">Seq"i++" ");}1'

>Seq1chromosome1|2199-2200

【问题讨论】：

标签： bash awk sed gsub fasta

【解决方案1】：

$ awk '/>/{sub(/\|/,"-"++i"|")}1' file
>chromosome1-1|2199-2200
----------------------

>chromosome1-2|3546-3548
----------------------

>chromosome1-3|6489-6548
----------------------

【讨论】：