在包检查 R 2.14.0 期间使用带有小插图的 inst/extdata答案

【问题标题】：Using inst/extdata with vignette during package checking R 2.14.0在包检查 R 2.14.0 期间使用带有小插图的 inst/extdata
【发布时间】：2011-11-14 23:05:43
【问题描述】：

我有一个包，其中包含一个 csv 文件，我在每个 R-exts 中放入了 inst/extdata。小插图需要此文件。如果我直接 Sweave 小插图，一切正常。但是，当我运行 R --vanilla CMD check 时，检查过程找不到该文件。我知道在检查过程中它已被移动到 .Rcheck 目录中，这可能是问题的一部分。但我不知道如何设置它，所以直接 Sweave 和小插图构建/检查都有效。

小插图包含这样的一行：

EC1 <- dot2HPD(file = "../inst/extdata/E_coli/ecoli.dot",
node.inst = "../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv",

函数dot2HPD通过以下方式访问文件：

    ni <- read.csv(node.inst)

这是错误信息：

    > tab <- read.csv("../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv")
Warning in file(file, "rt") :
  cannot open file '../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv': No such file or directory

  When sourcing ‘HiveR.R’:
Error: cannot open the connection
Execution halted

顺便说一句，这与 question 有关，但该信息似乎已过时，并没有完全涵盖这一领域。

我在 Mac 上。

【问题讨论】：

标签： r package packages r-package

【解决方案1】：

您是否尝试过使用system.file 而不是硬编码的相对路径？

EC1 <- dot2HPD(file = system.file("inst", "extdata", "E_coli", "ecoli.dot", package = "your_package+name"))
node.inst <- system.file("inst", "extdata", "E_coli", "NodeInst.csv", package = "your_package_name")

【讨论】：

谢谢马克斯。我试过了，但它返回一个空字符串。查看 ?system.file，暗示必须已经安装了包（因为有一个 lib.loc 参数）。也许需要的是 system.file 的想法，但在检查环境中进行了评估。
省略inst;该目录在安装过程中被删除 -- system.file("extdata", "E_coli", "ecoli.dot", package="your_package+name")
我看到了另一个问题。感兴趣的文件位于 BAH/packages/HiveR/inst/extdata/E_coli/ 但是，在检查过程中，“inst”文件夹消失了，而感兴趣的文件的路径现在是：BAHpackages/HiveR.Rcheck/HiveR/extdata /E_coli/NodeInst.csv
@MartinMorgan 谢谢马丁。您的方法适用于构建和检查包，但不适用于直接 Sweave。但是，我可以忍受！