以社区结构传播动态答案

【问题标题】：Spreading dynamic with community structure以社区结构传播动态
【发布时间】：2014-05-27 03:22:39
【问题描述】：

我有一个数据集，希望通过社区结构来模拟传播动态。我遵循的步骤是

在第 2 步和第 3 步之间有些东西让我感到困惑。分区后，我得到了一些包含节点编号的社区。社区编号和节点编号是第 3 步的唯一输入，我如何模拟有和没有社区的 SIS？

【问题讨论】：

据我所知，SIS 不使用社区结构。您是在某篇文章中找到想要应用的这个三步法，还是您自己设计的？
是的，我想在一些文章中用三步法做一些实验。但是我不知道该怎么做...
那么，如果您能发布本文的参考资料或链接，将会有所帮助。
文章链接是link
本文介绍了一种新的生成模型，能够生成具有社区结构的网络。他们所做的是生成具有或不具有社区结构的不同网络，并研究 SIS 如何受到这种结构的存在/不存在的影响。就您而言，据我了解，您想研究一个真实世界的系统，因此您无法控制网络的这一方面。换句话说，您的网络可能有也可能没有社区结构，您不能选择它。因此，如果没有针对您的特定数据的社区结构，您将无法比较 SIS 的行为方式。

【解决方案1】：

我在您原始帖子的 cmets 中回答您的最后一个问题。它对应于 2 个不同的任务：1）人工生成一些网络（有或没有社区结构）和 2）应用 SIS。

在 Networkx 中，有很多生成模型，列在 this page 上。但是我看不到任何模型来生成社区结构的网络。您可以使用C++ program by Lancichinetti，它实现了一个非常普遍的模型。

关于SIS的应用，你可以考虑Netpidemix，它使用Networkx作为过程的网络部分。或者，igraph 库还包含生成模型和流行病相关模型（例如SIR）

【讨论】：

抱歉这么晚才回复。我曾经尝试过 Nepidemix 来模拟 SIS 模型，但是当我想加载我的数据时，我失败了。本教程不提供有关如何从文件加载数据的说明。我不知道要加载的数据格式。你用过 Nepidemix 加载文件吗？
我没用过，但这里解释一下：nepidemix.irmacs.sfu.ca/documentation.html 你必须使用 load_network 包装器，而不是一些生成函数。