python - 扫描一个大文件并在满足条件时写入行

Question

我试图从一个文件中的位置扫描到第二个文件中的位置以查找特征是否在它们之间重叠。

我有一个看起来像这样的文件 Pt：

chr10   0   60985
chr10   60988   60990
chr1    165014865   165014867
chr1    1161693 1161695
chr1    158851689 158851689
chr10   64766   64767
chr10   63600   64703
chr11   647696  647697

然后归档 a（它当然有很多行，如下所示）：

chr1    1161693 chr1uGROUPERuDELu0u832  TGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGGAAACATGGCACCTCCCCTCTGGGG    T   63  NormalSupport;MinSampleCount;LowSomaticScore    CLUSTER_NUM=5454;CONTIG=GGTGCAGGGAAGCAGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGATGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCTTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;CONTIG_NUM=5840;DOWNSTREAM=GCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;END=1161756;NS=1;READSOURCES=(0:3:0,1:2:13);SOMATICSCORE=19;SVLEN=-63;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GGTGCAGGGAAGCGGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGAT;ensembl_gene_id=ENSG00000078808   GT:GQ   1/.:.
chr1    158851689   chr1uGROUPERuDELu3u4452 GGGGAGTAATTCTTATTCATGATATGAAAACTCTAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAA   G   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=25182;CONTIG=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTACAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAGGGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGAAGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;CONTIG_NUM=24300;DOWNSTREAM=GGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGACGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;END=158851745;NS=1;READSOURCES=(0:11:0,1:3:18);SOMATICSCORE=55;SVLEN=-56;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTCCAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAG;ensembl_gene_id=ENSG00000229849    GT:GQ   1/.:.
chr1    165014865   chr1uGROUPERuDELu3u7344 ACTGGCATTAGCTATGCTTCCTTAGGCAGACAGCATGTTGAGAAATTCACATTCATCAG A   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=40249;CONTIG=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCACTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;CONTIG_NUM=38845;DOWNSTREAM=CTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;END=165014923;NS=1;READSOURCES=(0:32:0,1:9:18);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-58;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCA  GT:GQ   1/.:.
chr1    176569763   chr1uGROUPERuDELu3u12313    GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA G   100 NormalSupport;LowSomaticScore   CLUSTER_NUM=65333;CONTIG=GCGTGGTAGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACAGAGCTCAAGCTCACAATTCCATTATACTGTTACTC;CONTIG_NUM=62936;DOWNSTREAM=ATCACAGAGCTCAAGCTCACAATTCCATTATACTGTTACTC;END=176569833;NS=1;READSOURCES=(0:14:0,1:8:7);SOMATICSCORE=22;SVLEN=-70;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GCGTGGTAGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAG;ensembl_gene_id=ENSG00000116183 GT:GQ   1/.:.
chr1    184683773   chr1uGROUPERuDELu3u15990    TAACAGTTTGGATGAAAAAAATGTAAGGTATGCTCATCTAAACTATAGATCATTGAAAACTGGTAGTTTAGCTAATGAGATTCAACCTCTAGACCAAAATCTAGAAACAAAACAAAAAAAGAAATTTTGCTGAGTTAAATATAAAAGTTCTAAGTTTACACTAAAAAAAAGAA   T   93  PASS    CLUSTER_NUM=82731;CONTIG=TAAACCACCACATGCAAAGAGCCTGTAACTGAAAGCTCTTGAGTGCAGTGCCACAAGGCACTGGTTGGGGTCCAACCAAAACTTCTTCCTAACTTGGCTGCTCAAAGGCAGGGTGGAGAACACTCATTTGTCAGCAGACCATAC;CONTIG_NUM=79822;DOWNSTREAM=AACTTGGCTGCTCAAAGGCAGGGTGGAGAACACTCATTTGTCAGCAGACCATAC;END=184683945;NS=1;READSOURCES=(0:12:46,1:0:44);SOMATICSCORE=30;SVLEN=-172;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TAAACCACCACATGCAAAGAGCCTGTAACTGAAAGCTCTTGAGTGCAGTGCCACAAGGCACTGGTTGGGGTCCAACCAAAACTTCTTCCT;ensembl_gene_id=ENSG00000116406  GT:GQ   1/.:.
chr1    193557238   chr1uGROUPERuDELu3u20250    TGTGTGTATACACACACACACATATATGTGTGTATACACACACACACATATATATATGTGTGTATACACACACACACATATATATGTGTGTATACACACAC   T   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=103112;CONTIG=TTTAAAATAAGGGGGGAAATTTATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTATACACACACACATATATATATATACACACACACATATATATATATATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTTTGAAATA;CONTIG_NUM=99338;DOWNSTREAM=ACATATATATATATGTGTGTATACACACACACATATATATATATACACACACACATATATATATATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTTTGAAATA;END=193557338;NS=1;READSOURCES=(0:23:0,1:3:26);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-100;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TTTAAAATAAGGGGGGAAATTTATATATATATAT    GT:GQ   1/.:.
chr1    211021468   chr1uGROUPERuDELu4u5565 ACAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACATCTTCTTGTTAGCTCTAAAGCTGTTTGAATGTTCTGATCACTTTTGAACTTTACTTCACAAAAATAGTGAAGTACTCAGCAAGCCCTTGCTCTCATGTAGCCTAGTTCACTGCTGAAGAGAGAGAACACATGATTCTGCAACATGTATTCCATCTGATCATTACAGATCTTTTTCTTCAGAAGTGTTTCAGCTAAAGAGCCAATCATGCAGGGCTCCATCTTTTTTTCAAAGGTCAGCATTGGGTTCTGTAAGAATCTGGTAACAAAATCCCATAGTCTTTTGAAGTACCTCCTTCCTCTTACTATGGGCTGTAAACAAAAGCTTCTGGGCAGCAGTGGCAAAGGAAATGAAATCTTCAGACACATCAAACTTCATGCGTATATACTCGTAAGGGTCTTCTTCCCAAAGTTCCTCATCAGCATCTGTATAACACATCAATGGAAAAATAACATCTTGGATAATGCCTTGTATATGGGGCTTCAGATTCTTCCAGGTGAGAGCATGAGAAACTCCTTGATTAATAGAATTTAATGTCTGTTGTAAAACTTGAGGAGCCATATATTGCTTCTCGTTGTACTGTTATAACACTTTCAATAAAACTTGCTGGACACCAACAACAAATTCCTTCAGAAATACTTGAGCAAATTCATTATACTCCTAGGAAACACTGCCAGAGCTTCCATATCTTTCAAAAAGTCTTGCTAAAATATGTAAGGCCCACTTCTTGCATTTCCATTATGATAACTCAGGTCGGTCATCTTCTTCAATTCGAAGTGTTTCAGTCTTTAAAATTTCTACCCATTCTGTCAGGTTCTGTTGGTTTATCAGTTCCAGTGGTATAGAGTATAGAGTATATACTGAACAAGAGCATAGAGTATATACTGAACAAGATCATAGAAGATCTTGAATATTTGTTTCTGGATGACGACAGACTGATCAGACTGGTCAGAAAGAAGCTGGATAAAATGATCCTTTAGAACTGACAGAAAATGCTGCATTGCTGCTACCAATGGACTCCACTCCTCTAGTTTTTTATACTCATAAGTTTTCACAAGCTGATAAAGGCAAATAATTCCTATCCAACAAGCACTGTTATCACACTGAAGATAAAAGCCAGTTTTGTCCACAATGGCAGTCCAGCAGCTTGGATAATCACGTTTGGTGATGTGATGAATGCATGTAGTAAGCTGTACCCTGATGAGCTCAGGAGGATGGATAATGGCTTCTACAATATTTTCTCAAATACAATGGCAATCTTCTTCTGGAATAGTATAAGGGGATATATACTTTTGTGCTGTTTCTTGACCAGGCCAATACTGTGTTATATTTTTCAAATAGATAACACCTGCCTGTCTCACAGGTAAATCCAGCTGTTCCGACATAGTAATCTGGAGCAGCGTTGAGACAAAATTCAGAGATTTGTGTGCTTCATTGAGCTGGCGCTCCATGGCCTCTTGCAGGGCTGGGTCCATGGTGCCCCGCAGGGCCTCGATAATGGTGTTGGGGTCCATTGCAGCATGAACTAGGTCAAACCCAGGGCTTGAGTGCTACTGGGCCAGGAATAGCACTACTCACTGCACACATGGACCTGCCGCAGCGGCAACTGGCGCAAAAGGGCAATGGTGCAATCTTAACTCACTGTAACCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTGCAGGCTCACGCTACCATGCCAAGCTGATTTTGTGTTGTTGTAGAGATAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGTCTTAAGCAATCATCCTGCATCAGCCTCCCAAAGTGCTGGATTTACAAGCCTGAGTCACCATGCCTGGCCAATATTTTCAATAGTTAGAGGCAGGATTGAAAAACAATTCCTTTTTGCTTTGCTCAAAATAAGTATTTATGAGCATCCACTTACGAGTTACTGTGCTAGATGCTGGACATACAAATAGAAATAAGACCCAGTTACTGCTGTTGTGGAAAGGGCAACATTAGAGAAATGTTCAGGAAATGGAGGAAAGGCCCTTATCTCAGCTTAAGGAAGCCTTAACTCACTATTGTTTGGCTGAATCTCAAAAATGTACAAACCAATAGGAGTGTCCCCTTCTTCCCTACAGATTCCCTGAAGCCAGTGGGCTGTCTGGCAGGAAAACCAAATACTAACTGTGATTTGCCCATTCTAGAAGGTAAGAGAAGGGATTCAGGGCATGCGTGTAAAGTTAGGCTTTGATGACTTGTGTTAGAAGGTTCAGGAAGAAAGCCGCATCACTTATCCCCTATGGAAAAAAAGGAATGGCCAAGAGAACTTCCTTGAATCCATGAAGAGCTTCCAAAAAGAGAAATTTTAAGTTTAGGGATGATAAGGAGCAGAAAGGCTTGGTCTGCTTTACCTGGTGAGCCTATCAATGCACCCACCAAGCACATGCTTGTTACCCAGCAGAGTGTTGGGCACTAGGGGGTGGAGGAGGATAGAATCTAAGATTACTTTTAGCTCTGAAAATCTCAAGACCATCTAAGTTAGGCTCTTCATTTTACAAAAGACAAAGTGCAGACCCAGAAAAGGCCTTATCCAAAATCACATTACTAGCTCTTGAGTACAAGATTACTAGCAGGCTGCAATCTGGGAAGATGGCTGAAGTGGACTTGACATCATATTAAACTCCAGCATCAGTACTTTGGGCAACATGTAGTCACCAGAGGTCTCTGAGCTGGTGACCAGCTTAGTTAAAACCACTTTCCCCCTTGATAATAGTAAATGCCATTTCCAGTTAAGTTACAGATGACAGATTTTATGGAATGTTTCCACCTTAATGTGCGAGATCTGAATGGTACCTCCATCACTGACATTACATTTTGTTTCTCAACCCTCCTCTTCACAGCTCTTATTAGGAAATCGGGGAAAGTCAGGTGCTGAGGCCCAAAGGAGCTGTGCCTTGCTGGTGTTCCCTCATGAAAGGCTGCAGCCAGAACTGTGTCCTTCCTTCTCAATGCAGGTCTCTATGCTAAACTTGTTCACCCTCTGTTCCAGAGCTTTAGGTGCTCCACACGAAGTACTCTTGAACTCTGTCAACCCTGACCTCTCCCCTGTCATGTAGAAAGGCCTCAAGTGGTAGTTTTTGGAGCTCCCGATCATACAAGCACATGCACCCTTCTCAGGAGAGGGCAATTAGGAAACCTGCTGCTAACTAGAGGTGCCATGGCAGGTGCCAACTGGATCAGTGCAGGATGGAACAGCACATTCCAGACAGCCTCATGAGTTCATTGCTAAGGGTAGAGCTAATTTACAGGAAACATGCAGAGGGTTTGACTGGATCCCCTCTGATACCAGCTGAGCCCAGCTCTCACATGCCTATGGCATGGAGTGGATGGTGCTGGGGCAGGCTTCTCTCAGCCTGACAGCAGAGTAGCTGTCTCCACTATTGAGCCAGGTGTGACCCCAGAATGCCATCTCTACCCCCTCAGCATGGTAGCAATGCCACGGCAGTGAGGATGTGGGGAATGAGGAGCAGCTTAGGAGAGACTAAGGCATTGCAGGACTGAGGTCCACTATGCAGCTCCAGGTCCCCCTACTATGCTCCTTCAAGAACAGTGTTGGTAGTAAGAGATTATCACCAAGTTCCTCTCAACTCAGCAAAACAAGTGGGGAAGCGAGAAAACAAAGGAGGAGGAAGATAGCTTCCTGTGCTGTGAGGACTAATTGCAAGCAAAATATGTGTCAGCTGCCACTGCTCACAGTAAACACTCAACGGATGGTAACCCTAAGGGTTTGGGCTGCAGCTTTAGTGCCCAAATCCTACCTCTATGGAGGGAGTGAGACACTTGGACAACAACAATCAAGGCAGGTGGAGAAAATTCTGGTTTTGCTTGTCCCAAAACAAATCACCTCACCCATAGCAGTGTAAGACAACTAGCATTTTACTATGTTCACAGATTCTGAGCACGAGAAATTTAGAAAAGGCCCAGCAGGATGGCTTGTCTCTCTTTCTTATACCTGGAGCCTCAGCCGGAAAGATTCAAAGACTGGGATGACTTAGTTGGAATCATCTATGAGCCAGTTCATTCACATAACTGGTGGTTGACCCATGCTGTCAGCTAGAACCTGAAGCTGTAAGCTGGAACACCTATACATGGCCCTTCCATGTGGCTCTTTGAATTTCTTTACAGAATGGTAGCTGGGTTCTAAGAGCAGGTGTCCCAAACAAATCACACAGAATCTGTATGACCTTTGATGACTTAGCCTATCACTATAATGTGACTTCTGCCATAGCCACAAGGCTTTCCAGGTTCAAGGGTAGAGAACAAGTATCAAAGGCAAATTTTTAGAAGAACATGTGGAATGGAAGGTAATGTTAAAGCTATCTCTGGAATATACAATCTGCTTCATTTGTCAAGCTAAACATATGCCCCCATAGTCTCCCAATGCAGAGATATTATGTACAATGTCTGGAACAAATATTTTCATATGACAGCTCATTAATTCAGTCCTTACAATAATACTGCAAGGTAATTTATTATTACTCCACGTTTTACCTGAAACTGAGCTCAAAAAGTTTAGATAACTTGACCAAGGTCATATAGTTTTTAAGCACCAAAGCAGTATCAAATCCAGATCTAAATCTGTTAACTACTTGTTAAAACTCAAAGCTCATAGTCTTTAGAGAACATTTTGGGTCAAACTAAATGATCTTGGTTCTAGGGCAGTAGGAATAAGGTAGCAAAGAAAAAAAAAAGGCAGCTGTTCATTTGATGCCTAAATGTTCACAGTGTACACACAATGCTGAAGCTACGCTTTGTAACTCTTAAGTGTTATTTCTTTTGCTAATAAATGCATTTTATGTAAGGAAAGACTTTGAAAAACAGTATCTCCAGATAGAATGGAAGCTGGGCCACCTTGCTAGGCTCTCCTACACCCCAATCGCATTTTCCAAAGTAGGGAGAAAGGTACAGTTCAGAACCTCTGTTTTTCAAACTGGAATAAGGCCTCTCTCTTACTTTTCCCCCAACTCTTTAAGACAGACAGTTTTTATTTTGAAACTTGGCCTAGATTGTGGGGCAAAGCACAACCAAATGAAATGGGTGAATTCCCATTTTGATCCTTATTGTCATTCTCCATCTCAGGTAGCTGATGGATCCAGGCTAAATGTGGGTCAAAAAGTATGTTATAGATCAGCTTTAGTTGAAAAAAAATGTGTATACACCAATACAACTCAATGGGGGAATAAAAACTTTTTCAACAAATAGTGTTAAGACAACTGGATATCTGCATGCAAGTGAATGAAGTTGGACCCCTACCTCACACCATACACAAAATTTAACTCAAAATGGATGATAGTCTTAATTGTAAGAACTAATGCTCTAAAACTCTTAGATGAAAATATAGGGGCAAATCTTTATGACCCTGAGTTAGGCAAAGCCTTTTTAATTGTGACACCAAAAGTACAGTCTACAGAAGAAAACTAGAAAAAATGGACTATATGAAAACCTAAACTTTTGTACTGCAAAAGATACCATCAAGCTAGTAAAAAATGCAACCCACAGACTCGCAGAAAATATTTGCAAATAAAATACCTTATAAGAGATTTGTATCCAGAATATATTACAAAAAACTCATAACTCAATAGTGAAAAAATAACCCAATTAAAAATAGGCAAAGAATCTAAATAGACATTTCTCCAAAGAAGATATAGAAATGGCCAATAAGCACATGAAAAGATGTTCAACATCCCTAGTCATACGGGAAATGCAAATCAAAATCACAATGAGACATCACTTTACACCCATTAAAATGGCCATAATCAAAACGACAAGTGTTGGTGATGATGTAGAGACATTAGAACACTGAAATTGTTGGAAGAATGTAAAGTGGTGCAGATGCTTTGGAAAACAGTTTAGCAGTTCCTCAAGATGTTAAATGTGGAGTTACCAGATGACTCAGCAATTCCACTCCTAAGTCTATACCCAAAAAAGGCAGAAACAAATGTCCATATGAAAACTTGTACATGAATGCTCATAATGTTCATAGGAACATTGTTCATAATGGCCAAAAATGTGAAAACAGCCCATATACCCATCAACTGATGAACAGATGAATTAGATGTGGTATAGCCATACAATAAATTATTATTCAGTAATAAAAAGGAATGAAATACTGATAAATGCTACAAAATATTAGAACCTTGAAAATGTTATTCCAAGTGAAATAAGCCAGTCACAAAAGACCACATATTGTACAATTCAATTTATATGAAGTGTCCAGAACAGGTAAATCTACATTTAGAGAAAGTAGATTAGTGGCTGCCTAGGGCTAGGAAATGTGAGGAGAAATGGAAAGTGACTGAAAATGGGTATGGGGTTTCTTTTGGGAGTTATGAAAATGTTCTGAAATTGATAGTGGTGATGGTTGCACAACTCAATAATATACTTAAAACTATTGAATTGTACATTTTAATTATGCAAATTGTATGGTAGGTGAGTTTTATTTCAATATTTATATCCACACACACCTACACATAGAATTATATGTATATGTTTACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATGTGTCCAAAGCAAATTCATATTAAAGTGGGGGCAATGTCAAGTATAGAAAACCACCCACAGATACTCCTCTGCTTTAGCCTAACATGTGGCTGTGTGACCAAAGGTACTGTGAAAAGCAATTAGATGGTGTTTTCTGAAAAAAAATTTTATTGAGGTATAATTTACATGTGACAAAGTACTCCCATTTCAGTTCATAGTTTGATGTGTTTTCACAAATGTGACCACCATATAACCAACACATTCAAGATACAGAATATTTTTATTACCCCAAAAAGTCCCTTGTGCCCCTCTGTCTCAAAATGCCCAACCCTAGGCAACAATTGATCTACTTTATGTCATTTTAAGTAAGTTTTGCCCTTTTCTATAATTCCAGATAAATTAAATCCTACAGCATGTACTATTTGGGACCTGGACTTTTTTATAACTCAGGATAATATATTTGAGATTCAACCATGTGTCATGCATATCTCTAATACATTGCTTTTTTATTGCTGAGAGTATTCCCTTATATAAATAGACTAAAGTTTGTTTTGCACTCATCTGCTTAAGGACATTTGATATTTTTCCCTCATTTTAGTTATTATGAACACTGATATACAAGTTTTTGTGTGAACATATGTTTTCACTGCTCTTTGGTAAATGAACAGAAGTGGAAACACTAGGTCTTATAAGTGTATGCCTAACTTTATAAGAAACTGCCAACCTGATTTCCAAAATGTTAATACTATTCTACATACCCACAAGCAATATATGTAAGTCTTTTTAATTGTATTCATATAGTGGGTATCTCATGTAGTTTTCAATTGCCTTTCCTTGATGACTAATTAAATGGAACATCTTTTCATGTGCCTTTGGCCATTCATGTGTGCGTGTAAAGTGTCTGTCCAAATCTTTTGCCTATTTAAAAAATTTATTTTTAATTGAGTTGTATAAGTTTTTTTTAATACATTCTGGATTCAAACCTTTATCAGCTTAGTCTGTGGCTAAAAATTTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTCTTAATAGTGCCTTTGATAAAGTCTAATGTATAATTTTTTCTTTTATGTTTCAAATGTTTTGTGTCGTAAGAAATCTTCGCATATGCCAATGTTGAAAAACTTCTAGTTTTACAGTTTTAATTTTTATGTTTCAGTATACTACCTATTTCAAGTTAATTTTTGAGTCTACAGTAAAGGGTTGAAGTTCATTTTTTGTATATGAATATCCAATTTTGTAGAACCATTTGTTGAAAGCCTATTTCCCCACTAAAATATCTTCTTAACAACATTTAATCACAAGATTCTTCATTTCCCTTTTATAGTCACACCCACTTCCTTCCAACTTTCCTTTAATCCTCTTCTCATTAACTCCTACCAACCACTAATCTGTTTTCCCTTTCTATAATTTGGTCATTTCAAGAATATTGACTATATGGAATCATAAAGTATATAACCTTTTGGGATTTGCTGTTTATTCTTTGCATTTATCCATGTATGATGTTTTTCCTTCATTTGTATAGATCTAAATTTCATTGATAGTATTTGCCTTGCATCTGAAGAACTTGCATTTTAAGTCAGCTGGTGAATAATTCTGTCAGCTTTTGTTTGCCTGAAAAAGTTTTTATTTCATATTTATTTTTGAATGGTATTTTTATTGGATATAGAATTCTAGGTTGACAGTTTGCTGTTTTTGTTACAGCTCTTTAAAGACGTCATGTCATTTTCTTCTGATTTAAAAGTTTCTGACAAGACATATGTGAGTATTGTTATCTTTGTTCCTCTGTATGTAATTTTTTTGTCAGCTCTTAAAATTTTCTCTTTATCAATTTTGTTCAGTAATTTGATCATGAACTCCTTTGGTGTGATTTTATTTTGTGTTTATCCTTCTTGGAGTTGTTGACCTGCTTGGATCTATGAGTTTATAATTTTCATAAAATATGAAAAGTTTTTAGCCACTACTTGTGATATTTTTTCTGCCCTTCATCCTTTCTGGGACTCCAGTGATATGCATATTTACAATAGCTGCTTAAAAGACCTTGTTTGTTAATTCTATTTTCTCTGTCATTTTAGGTCTATTTCTGTTAACTGATTTTTCTCCTAGTTATAAGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTTAGGCATGCCTGGTAATTTTGGATTGGATGCTGGACATTGCGCCTTCATATTGTTGAATGCTGGATATTGTCCTCTTTAATGGATGTTGAACTGTGCTCTTACTGGCAGTTAACTTAATTACATATCAGCTTGATCCTTTTTTAGGCTTTATTAAAACTTTATTAAGTAGACTTTACTCTAGGGCTTATTTAGTCCTATAACTAAGCTGTGACTTATTTTGGAATGCCCTCAATATTAAGCAAGGACCCTAAATTTACCCTGGCTGGTCATAACTCAAACTTCTACCAGCCCTGTATTGCCTCTGGAAATATTCAACTTACAGATACCTGGTAGTTCTTTGCCTGGCTTGTGCAATTTCAGCCTACATATAGCAGTCAGCTGTAGTTACAAGAGGAATGCTATAAAGATCCTCAGCATTTTCTCTACTGAGCACATTCCAGCCACTCAGCCTCTTCAAATTCAAATTTTTGTCTTCTCAACTCTGTGATATCATGCTCTTCTTGAGTGTGTATTGTGGTCCAGAAAGTATCTCCAGGCAGAAAGTTGGTATTATCATAGGTCTTATCTCATTTGTTTCCTTTCTCTGAGGAGTCACAGAACTGTACTAATTACCAAAAGGAGTTTTTTTCATAGATTTTTGTCTGGTTTTCTAGTTGTTTACAGTAAGAGAATAAGTCCAACTCCATTCACTCTCTTGTGTCTGGAAGTAGAAATCACTGATATTATCTATGTTAATACAGTGAAAAAACATCCAGTGTTGTCCCTCTTTCCATCCTCACCCCCACACCTCCACCACTAATACTGTCTCAGTGATGTGCAATATCCAAGGCTTGATTTAGGTCTAATGAATATCTCTCAACACAGAACACTTTGGGTTTCCCAGCACAAGAATTGAAAAAAGCACATGGTACTCTCCCAGCTGAGATTCTTAGCCTCTTTTTTCCCCTACTGTGAGCAGTGTCACCCAGGTGCCCTCACTCATCTATTTTAAATACACTCACCATCTCTGCTAACAGCTTCAGCCTCTGTTAATCAGGTAGCTTTTCATTAATGTTCTTATCCTTGTCCCAGCATCTTATTTGTCATGCTTTATTAGTAGACATGATAAGTCATAAATCTTAGTTCCTCTTAGCTTCTTAGTATCTGTTGTCAAGTTGAAGATCCCAGACAGAGGGAGATGAGAACTGGTTCATTACAGAGTGACTCTTTCTAATATCTCCTTGGTTCTTTATGATACTAATACATTCTTCCCACTGCAGTTGCCTTTTTCTCTATTTAGCTCCAATACAATTCATAGAAATGAGATCATTCGGCTTAAGGGTACATTATCTTCACTTCAACCCATCCTTCTTTAAGATGAACAATGCTGCCTTTAGATTCTGATACTGGCTCTGCCACTTATTAGCTGGATAGCCCCAGACAATTTACTGACTCTGAGTTTGTTTCCATACTTATGGAATAGGGAAAATATATTCTGCATATCTCATGGAGTGGCAACAAAAGCCAAAATTGACAAATGGGATCTAATTAAACTAAAGAGCTTCTGCACAGCAAAAGAAACTACCATCAGAGTGAACAGGCAACCTACAGAATGGGAGAAAATCTTCACAACCTATTCATCTGACAAAGGGCTAATATCCAGAATCTACAATGAATGCAAACAAATTTACAAGACAAAAACAAACAACCCCATCAAAAAGTGGGCAAAGGACATGAACAGACACTTCTCTAAAGAAGACATTTATGCAGACAAAAAACACATGAAAAAATGCTCACCATCACTGGCCAACAGAGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGATACCATCTCACACCAGTTAGAATGGCAATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAACTGCTGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAACCAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCAATTCCTCAGGGATCTAGAACTAGAAATACCATTTGACCCAGCCACCCCATTACTGGGTATATACACAAAGGACTATAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACACGTATGTTTATTGCGGCATTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAATCCAAATGTCCAACAAAGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAAGGATGAGTTCATGTCCTTTGTAGGGACATGGATGAAACTGGAAATCATCATTCTCAGTAAACTATCGCAAGAACAAAAAACCAAACACCGCATATTCTCACTCATAGGTGGGAATTGAACAATGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACTCTGGGGACTGTTGTGGGGTGGGGGGAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGCTAGAGGACGAGTTAGTGGGTGCAGCGCACCAGCATGTCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCACATTGTGCAGATGTACCCCAAAACTTAAAGTATAATAATAATAAATTAAAAAAAACAAAATATATACATAATATGATCTCGGCTATGGAAAAGAAAAACATTCAGTGGAAAAAAGCTTAAAGGGAAGAGCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATCAAGCAAGATAATCGATGTTAAGTACTTTATATAGTGCCTGTACCATGGTAAATGCTTAATAATTGTTAGCTATGATGACAATAATGATGATTAAAATGGTCTTTCCATACACTCTGCATACCATCCCTCTGACTGACCTGATGATTATAATTATTCCCTAACTACTAGCAAAGAAGCTTCAATCTCCCTTCACTTCTGCTTTTAAACAGTTTTCTCCTATTTTACAAAAAAGAGTGTGTCCTTTTCTTCCCTTTTCCAGCTCTTCATAAACACAGTGTATTAGTCCATTCCTTCATTGCTATAAATAAATACCTGAGACTGGGTAATTTATAAAGAAAAGAGGTTTAATTGTCTCATGGTTCTGCAGGCTGTACAGAAAGCACGATGCTGACATCTGCTCAGCTTCTGGGGAGTCCTCAGGAAACTTACAATCATGGCAAAAGGTAAAGGGGGAGCAAGGTGTCTTAC  A   100 PASS    CLUSTER_NUM=25425;CONTIG=TGGAAGGCAACTGTCGTTTAAGATGAAAAACAGTGATAACTGCTGAGAAATCTCAGCCTTAAGTGTGTTGAAAGTTGATAATGTCCATCTATGTGGTGAACAATTTGTGAAACAAGACTGTCAAAGAGAGTTATAGGTTCTTGGAAGTAAGAGGCAACATCTTATGATCAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACA;CONTIG_NUM=24722;DOWNSTREAM=TCAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACA;END=211033725;NS=1;READSOURCES=(0:33:68,1:0:69);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-12257;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TGGAAGGCAACTGTCGTTTAAGATGAAAAACAGTGATAACTGCTGAGAAATCTCAGCCTTAAGTGTGTTGAAAGTTGATAATGTCCATCTATGTGGTGAACAATTTGTGAAACAAGACTGTCAAAGAGAGTTATAGGTTCTTGGAAGTAAGAGGCAACATCTTATGA;ensembl_gene_id=ENSG00000143473    GT:GQ   1/.:.
chr1    249175897   chr1uGROUPERuDELu4u25993    CCATACTGAACTATTAAAGTTATTTGAAATGACAATTGTAATAATATCTTCCTTGAGGAGTTCTACAATCTTTGCTGTTATTTCTTTAAGTCCTTCCTTTAATGAGTACTGTTTGGTGCATGTAACCTGCTGTGGTGTAGACAGTGTTATGGACTTCATTTTAATTTGAACTAGGTTAGAAAATTTTAGTTCCTCTAGTTTCCTTTAATATAAGTTAAAAAGATTTGGAATAAAATTCATTCCTGTAATGTCTTATAATTTGGGTGAGCAGTAAAAAGTGCATAGAGCAGTATAGAAGCAGAGG    C   100 PASS    CLUSTER_NUM=140439;CONTIG=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGCCAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;CONTIG_NUM=136911;DOWNSTREAM=CAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;END=249176200;NS=1;READSOURCES=(0:44:63,1:0:64);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-303;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGC  GT:GQ   1/.:.
chr10   20219603    chr10uGROUPERuDELu0u11231   AAAAAAAGGCTGGCACGGTGGCTCACACCTGTAAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGGTCACCTGAGGTTGG   A   47  PASS    CLUSTER_NUM=60987;CONTIG=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAATAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;CONTIG_NUM=59978;DOWNSTREAM=GAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;END=20219683;NS=1;READSOURCES=(0:7:18,1:0:60);SOMATICSCORE=40;SVLEN=-80;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAA;ensembl_gene_id=ENSG00000120594   GT:GQ   1/.:.
chr11   56932527    chr11uGROUPERuDELu1u8703    CCAGAGCACATCATGAGATCCTGGAGCCAGACCTAGAAACCTATTAAACAAGGGAACCCCAGCATGTCTCATTTATTACCCAAAGGAAGGAAATTAGCATCACATGTATAAAGCACTCAGTAGTCTATAAAATGCTCTTAGCAATTCACTTCGTGAGGAAGTGCCTTTTCCCACTTCCACAGAGGGATACCGAGCCTCAAGGGATTAGGAGACTAATCCAGGCTCACACAGCTGATAAGGAACAGCCCAGACATTTTGGCCCAGTGCTGCTAGCCCTCAATCTGGTGCTTTGCCCTCTGCACCGCCTGCCATGCAGGGAATACATGTTAATATCTCTCTGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATAAAGACATACCCAAGACTGGTTAATTTATAAAGGAAAGAGGTTTAACTGAATCACAGTTGCACATGGCTGGCATCATGGTGGAATGCAAAGGAGGAGCAAGGCCACATCTCACATGGTGGCAGGCAAGAGGGCATGTGCAGGGGAACTCCCCTTTATAAAACCATCAGCTCTCTGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACGGGTGGATCACCTGAAGTCAGGAGTTCGAGAACAGTCTGGCCAACATGGCGAAACCCCATCTCTATTAAAAATACAAAAAAAAATTAGTTGGGCGTGGCAGTGAGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACCTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAAGAGTGAAACTCGGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACATCTCACGAGACTTATTCACTATCATGAGAACAGCATGGGAAAACCCTGCCCCCATGATTCAATTACCTCCCACTGGGTCCCTCCTATGACATGTGGGGATTATTACAATTCATGGTGAGATTTGGGTGGGGACACAAAGCCAAACCATATCACTCTCTTTCTTGGCCACAGGTGGACTTGAAAAACCCTTTCCCTTAACCAAGCAGGAGCCCCAGTAGCTGCTTTGTTCAACGTCTGTTTCTCTAAGGTCTCCTACTCTGGAATATTTAGGAAAACCCAAGGTGGCTCAAAAAGATCATCCCTGTACCAAGCCTCAGGGATTCTAGTGTGACCCAACCTCTCCCAGTCCCTATAGGCATCTCTTTCAAACATCAGAACTGGTGCAGACTCAATAGAAGAAAGGTGTGACTCCAAGATGTCCTCCCTCACAGCCCTTTATCACAATGGGGCTCTCTTCACCGTAGAAGGGAAGGCTGAGGCTCAGAAATATGGTGTAGGCTTGGACTTTGGAAGGAGAATGACTAAGCTGAAGTTCTTCCTCTGCCATTTACAAGCTGTGTGACTTTGGAAAACTTTCTTAATGTTTTTGCTTTTAATTTCCTCATGTATAAAAGATGGGGTTGTCATACTTAGGTTTAAGACTATTGCACGTGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCTGGCCAACATGGTGAAACACCATCGCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCAGGCATGGTGATGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGATTCGCTTGAACCTGGGACGTGGAGGTTGCGTTGAGGCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCACCTCAAAAAAATAGAAGACTATTGCAAAGATTTTAAAAGATGGCACAGGTACAACACTGAACACAGTGTTTCATGAGTGACAGTCATAAGCTTTTCTACCACCTAACTGTGTTACTTTTAGCAAACTACCTAATTTATCTCGGCCTCGGTTGTTTTGTGATTCTTTTCAAGGGAAAAAAAAAGCACCTCCCTTCATAAGCCTGCTATAAGAACAATATAAAATAGTTGACATAAAGCACTTAATCTCTTGCCTGTCACAGGAAAGGTGCTCAACACCTGTTAGCTCTGTGTTGATGTCCCCAGATCAGAGAGCCAGAAAAGGAGGGCTAAAGTTCCAACCAGGATCTTCTGGTTCCAACCCAGCAGCACCTGAGCAAGGTTGATAATGGTAAAGAAAAGAAGAAATAAGCAATAGGGGCCTCACAAACACAGGCAGGAATAAATCACTCCCATGTGGCAGTTTTCTGTGCCTGACCCAAGAGATAGGTGTTGCACCTTTATCCATGTGGACAGATAAGAAAGAGCAAAGGGCATAGGTCACAGAGGTGAGTATGACCTCATTGCAGTGCCAGGATATTTCCAGGCAATTGGCAAGACTTATTGACAATCATCCAATAAATAGGATAAATAGTTCTTACTTCCCAAGTGCCTGGGAAGAGAGCTTGCAGCTCTTTCCAATTCCTGCCTCTCATCTCTTCCTCCTCGGACACTGCAGCTCTCCGTTTCTGGAAAATCTCAGGGCAGAATCTGGGCTCCTTCCCACTTTCCTCTGTCCAGAATTCTAAGGATGCCTGGGAGAAGGCATCTGCCCTGAATGAATGGGTCAGAGGCATGATTCCAAGTGACTGGCTGGTAATTGGAAGAGCTCAGTGGTCTGGCTGGGGAGATGAGAGCCTGCTAAGCACATCTGGCCAGCATCAGAATCACAAATTGAAGAGAGCTTGGAAGGACTCAGCCCCCACTGACATTCACAAAGGAAGGAAAATGTAGGGAGCCAGACAGAAAGGAGTGATGCTCTTCAAAGTCAACAGGCTTATAACAAACACCATCTCATAGGTGAAAGTGGGAGCACAGAACAGGCACACTCAGCTAACACACAGCTTTCTGAGGGAGGTCATCCTCCACCAAATGAAAATAGCCCTGCTTTTTCATTTTTTAATTTTTATTAATTTTTAAATCAACAAATAAAAATTATATATATTGGCCAGGTACAGTGGTTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGACGCCAAGGCAGGAGAACCACTTGAGACCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGACAACATAGTGAGATCCCATCACTACAAAAGAAAAAATATTTAAGGAAAAAAATTGTATATATTTATGGCATACGATGTGAAGTTTTGACATATCTACACATTGTGAAATGATTAAATCAAGCTAATTAACATATCCATCATGCCACATCCTTAAATTTTTATGGTGAGAACATTTAAGATCTATCTCAGCAATTTTGAAGTGCATGCTATTGTCACCATGCTACACAATAGACATCCAGAATTTATTCATCTTGTCTAGCTGAAACATTGTATCCTTTGACCAACATCTCCATACCTCTCCTGCATACCTCCCAGCCCCTGGTAACCATTATTCTCCTCTGCTGCTATGAGTTCGATTTGTTCGGATTCCACATATAAATAAGATCGTGCAATATATTTCTGTTTATGCCTGGCTTATTTCACTTAGCAAAATGTCCTCCAGTTTCATCCATGTTGTCACAAATGACAAGATCTCCTTCTTTTTTAAGACTGAATAGTATTCTATTGTGTACATGTACCACATTTTCTTTATCTGCTGTATTAGTCTGTTTTCACACTGCTGATAAAGACATATCCAAAACTGGGAACAAAAAGAGGTTTAATTGGACTTACAGTTCCACATGGCTGGAGACGCCTCAGAATCATCACAGGAGGTGAAAGGCAGTTCTTACATAGCAGCAGCAAGAAAAAATGAGGAGGAAGCAAAAGCAGAAACCCCTGATAAACCCATCAGATCTCATGAGACTTATTCACTATCACGAGAATAGCACGGGAAAGACCGGCCCCCATGATTCAATTACACACTCCCCGCCCCTGCTGGGTCCCTTCCACAACACGTGGGAATTCTGGACAATATAATTCAAGTTGAGATTTTGGTGGGGACACAGCCAAACCGTATCAT C   100 PASS    CLUSTER_NUM=52260;CONTIG=CTTCTACCCCTGGCAGTGCAAAGTCCAGGACCAGGCAGGTGGGGGGTGCTGGAAAAGTTAGCAATTGAGTGATTGTACAGCCAATTTGTCACTTTCATGGGATCGGAGTGAGGCTATCTCAGAATCTTCTGTATCTACTTCATCTCTTGCTCTTTCCATTCTTTGATACTTTGACACATCCACATCCACTGCTCCTGGCCCCTCCGAATCTCATGTCCTCACATTTCAAAATCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAAAGTCTTAACTTATTTCAGCATTAATCCAAAAGTCCACAGTCCAAAGTCTTATCTGAGACAAGGCAAGTCCCTTTCACCTATGAGCCTGCAAAATCAAAAGCAAGCTAGTTACTTCCTAGATACAATGGGGATACAGGTACTAAGTAAATACTGCTGATCCAAATGGGAGAAATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGGCCCATGCAAGTCT;CONTIG_NUM=52670;DOWNSTREAM=TCTGCTCCTGGCCCCTCCGAATCTCATGTCCTCACATTTCAAAATCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAAAGTCTTAACTTATTTCAGCATTAATCCAAAAGTCCACAGTCCAAAGTCTTATCTGAGACAAGGCAAGTCCCTTTCACCTATGAGCCTGCAAAATCAAAAGCAAGCTAGTTACTTCCTAGATACAATGGGGATACAGGTACTAAGTAAATACTGCTGATCCAAATGGGAGAAATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGGCCCATGCAAGTCT;END=56936485;NS=1;READSOURCES=(0:21:23,1:0:65);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-3958;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CTTCTACCCCTGGCAGTGCAAAGTCCAGGACCAGGCAGGTGGGGGGTGCTGGAAAAGTTAGCAATTGAGTGATTGTACAGCCAATTTGTCACTTTCATGGGATCGGAGTGAGGCTATCTCAGAATCTTCTGTATCTACTTCATCTCTTGCTCTTTCCATTCTTTGATACTTTGACACATCCACATCC    GT:GQ   1/.:.

我用了一个代码：

out = open('/home/istolarek/OUTintersectPT','w')
masterlist = [row for row in Pt]
for line in a:
    g=[]
    if line.startswith('chr'):
        line = line.strip().split()
        g.append(line[0])
##        print line[0]
##print len(w)
    for row in masterlist:
        row = row.strip().split()
        f = range(int(row[1]),int(row[2]))
        w=[]
        for i in g:
            if i == row[0]:
                w.append(int(line[1]))
                for i in w:
##            print line[0],row[0],line[1]
##            out.write(str(line[0])+'\t'+str(row[0])+'\t'+str(line[1])+'\t'+str(f)+'\n')
                    if int(i) in f:
                        out.write(str(line)+'\n')
                    else:
                        break
            else:
                break
out.close()

这段代码似乎可以工作，但花费的时间太长了。

因此，如果两个文件中的第 1 列匹配，则转到比较第二列。文件 a 的第二列只是一个数字（行 [1]），在文件 Pt 中，它是一个值范围 f = range(int(row[1]),int(row[2]))。因此，如果关于匹配第 1 列（这些与 chr 值）的第一个条件，并且如果文件 a 中第二列的值在 f 的范围内，我想将这些行写入输出。

我又写了一篇：

我写道：

masterlist = [row for row in Pt]

for line in a:
    line = line.strip().split()
    for row in masterlist:
        row = row.strip().split()
        b = int(line[1])
        f = range(int(row[1]),int(row[2]))
        if (line[0] == row[0]):
            if a in f:
                print b,f

这两者应该是匹配的。但该脚本仅报告 Pt 文件中的第一个 ontry。如果第一个条目不匹配，则输出为 none。我希望脚本输出所有匹配项

我已经为此奋斗了很长一段时间。

Answer 1

嗯，首先，您在 a 上循环，但您在循环内为 a 分配了一个值，所以它不太可能走得很远。

其次，我认为strip().split() 是多余的。您不需要 strip()，因为它隐含在 split() 中。

第三，您应该只在主文件中的每一行 split 一次。您对每一行输入都这样做，这势必会增加一点处理时间。

我不完全确定我从您的代码中了解您的要求，但在我看来，这些方面的内容应该对您有所帮助：

import sys
from collections import defaultdict
master = defaultdict(list)
with open('Pt') as Pt:
    for entry in Pt:
        n, low, high = entry.split()
        master[n].append(map(int, (low, high)))

with open('a') as a:
    for line in a:
        n, i = line.split()[:2]
        for low, high in master[n]:
            if low <= int(i) <= high:
                sys.stdout.write(line)
                break

说明：首先读取并处理一次主文件中的所有数据。在defaultdict 中存储主数据在这里很方便，因为它允许您仅扫描与第一列匹配的行。 map(int, ...) 转换为整数。

在处理输入文件时，我们可以使用第一个值检索与第二个值进行比较的范围。由于master 是defaultdict(list)，如果第一列没有匹配项，我们将最终迭代一个空列表。

请注意，使用 range() 的原始代码将等同于条件

low <= i < high

您必须根据需要调整比较运算符。

更新哎呀。我将break 放在条件之外。修复后我得到以下三个项目：

chr1    1161693 chr1uGROUPERuDELu0u832  TGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGGAAACATGGCACCTCCCCTCTGGGG    T   63  NormalSupport;MinSampleCount;LowSomaticScore    CLUSTER_NUM=5454;CONTIG=GGTGCAGGGAAGCAGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGATGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCTTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;CONTIG_NUM=5840;DOWNSTREAM=GCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;END=1161756;NS=1;READSOURCES=(0:3:0,1:2:13);SOMATICSCORE=19;SVLEN=-63;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GGTGCAGGGAAGCGGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGAT;ensembl_gene_id=ENSG00000078808   GT:GQ   1/.:.
chr1    158851689   chr1uGROUPERuDELu3u4452 GGGGAGTAATTCTTATTCATGATATGAAAACTCTAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAA   G   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=25182;CONTIG=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTACAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAGGGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGAAGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;CONTIG_NUM=24300;DOWNSTREAM=GGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGACGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;END=158851745;NS=1;READSOURCES=(0:11:0,1:3:18);SOMATICSCORE=55;SVLEN=-56;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTCCAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAG;ensembl_gene_id=ENSG00000229849    GT:GQ   1/.:.
chr1    165014865   chr1uGROUPERuDELu3u7344 ACTGGCATTAGCTATGCTTCCTTAGGCAGACAGCATGTTGAGAAATTCACATTCATCAG A   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=40249;CONTIG=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCACTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;CONTIG_NUM=38845;DOWNSTREAM=CTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;END=165014923;NS=1;READSOURCES=(0:32:0,1:9:18);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-58;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCA  GT:GQ   1/.:.

Answer 2

至少，不要这样做：

row = row.strip().split()
f = range(int(row[1]),int(row[2]))
w=[]
print row[0]
if (line[0] == row[0]):
    w.append(int(line[1]))
    for i in w:
        if (int(i) in f):

改为：

f = int(row[1]), int(row[2])
...
        if f[0] <= int(i) <= f[1]:

或类似的。