使用bed2vcf函数将床文件转换为vcf答案

【问题标题】：Convert bed file to vcf with bed2vcf function使用bed2vcf函数将床文件转换为vcf
【发布时间】：2020-08-07 17:17:58
【问题描述】：

我正在尝试使用bedr R 包中的函数bed2vcf 将.bed 文件转换为vcf。

我尝试了以下代码：

  cromXvcf <- 
  bed2vcf("cromXmerged2_pruned_removed_sex_mr_hh_sex_pop.bed",
 filename = cromXmerged, zero.based = 1, header = NULL, fasta = "/media/iriel/Cosmos/Doctorado/Proyectos/Cromosoma X/Bases dedatos/human_g1k_v37.fasta")

它会抛出以下错误：

验证区域 * 检查输入类型...失败错误：不确定是什么输入格式是！ is.valid.region(x) 中的错误：

谁能告诉我可能出了什么问题？关于如何在不使用 Perl 的情况下进行此转换的任何其他建议？

【问题讨论】：

您的bed 文件究竟是什么样的？如果您包含一个简单的reproducible example 和可用于测试和验证可能解决方案的示例输入，则更容易为您提供帮助。您也可以考虑改为通过Bioinformatics 寻求一般性建议。

标签： r vcf-vcard

【解决方案1】：

我通过将床文件加载到变量并更改第 1 列和第 4 列的数据类型来解决它。之后我还检查了我的参考染色体是否为 chr1..22 而不仅仅是 1...22。我检查的另一件事是我的床文件已排序。

x <- read.table("cromXmerged2_pruned_removed_sex_mr_hh_sex_pop.bed")
x$V1 <- as.character(x$V1)
x$V4 <- as.character(x$V4)
sapply(x, mode)
y <- bed2vcf(x, zero.based=True, header=NULL, fasta="/media/iriel/Cosmos/Doctorado/Proyectos/Cromosoma X/Bases dedatos/human_g1k_v37.fasta")

对我来说效果很好。

【讨论】：