如何使用 plink 将 vcf 文件转换为 ped 文件？

【问题标题】：How to convert vcf file to ped file using plink?如何使用 plink 将 vcf 文件转换为 ped 文件？
【发布时间】：2017-02-01 22:03:04
【问题描述】：

我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。

我希望这里可能有一些有 plink 经验的专家将 vcf 转换为 ped。如果您能分享知识，我将不胜感激。此外，如果有其他方法（非 plink），请分享。

谢谢！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我使用 VCFtools 将我的 vcf 文件转换为 PLINK 格式（ped、fam、map）： https://vcftools.github.io/man_latest.html

我的命令如下所示：

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink

【讨论】：

【解决方案2】：

Plink 提供了自己的功能，用于将 vcf（和其他格式）文件转换为 plink 兼容的文件。您要查找的命令是 recode，实际命令如下所示：

plink --vcf myfile.vcf.gz --recode --out myfile

【讨论】：