如何从视频中提取一行像素（roi），在单个 .tiff 图像中合并行？

Question

我是编程新手，我正在尝试使用 ImageJ 和 Jython 从视频中提取单行并将这些行组合成时间进程。我正在尝试创建一个 videokymogram（即http://www.kymography.com/supp_demo.html）！

我的尝试是这样的：

from ij import ImagePlus, IJ
from ij.process import FloatProcessor

img = IJ.getImage() 
roi = img.getRoi()
StackSize = 100  #img.getImageStackSize() 

pixels = roi.getPixels()
Length = len(pixels)
Width = 1

total_pixels = [[0] *len(pixels)] * StackSize
t_pixels = []


for j in range (1, StackSize):
    img.setSlice (j)
    roi = img.getRoi()
    pixels = roi.getPixels()
    for i in xrange (len(pixels)):
        pixels [i] = pixels [i] 
    total_pixels[j-1] = pixels 

fp = FloatProcessor (Length, StackSize,total_pixels)
imp = ImagePlus ("White Noise", fp) 
imp.show()

但是它返回： TypeError: ij.process.FloatProcessor(): 3rd arg can't be coerced to double[], int[], float[]

有关如何解决此问题的任何提示。我也许可以迭代一个附加像素变量的文本文件，但我不知道该怎么做。 欢迎任何帮助。 BTW，如果你想试试，你可以使用斐济的 Fly Brain 样本。

非常感谢

Answer 1

您得到的错误表明total_pixels 不是FloatProcessor 类的任何构造函数都需要的double[]、int[] 或float[] 类型的数组。

在 Python 中构建 Java 数组的一种好方法是使用 jarray，这是用于 Java 数组的 Jython 模块，如 Fiji wiki 的 Jython Scripting 文档中所述。

我修改了您的代码，还需要在 for 循环中进行一些修复：

from ij import ImagePlus, IJ
from ij.process import FloatProcessor
from jarray import zeros

img = IJ.getImage() 
roi = img.getRoi()
stackSize = img.getImageStackSize() 

pixels = roi.getPixels()
length = len(pixels)

total_pixels = zeros(length * stackSize, 'f')

for j in xrange (stackSize):
    img.setSlice (j+1)
    roi = img.getRoi()
    pixels = roi.getPixels()
    for i in xrange (length):
        total_pixels[j*length+i] = pixels [i]

fp = FloatProcessor (length, stackSize, total_pixels)
imp = ImagePlus ("White Noise", fp) 
imp.show()

FWIW，其他人使用 ImageJ 来处理 kymographs：你可以找到 tutorial on the Fiji wiki 以及一些 plugins producing kymographs