【问题标题】:Creating multiple bundles in Azure API for FHIR在 Azure API for FHIR 中创建多个包
【发布时间】:2020-04-17 17:18:37
【问题描述】:

使用 Synthea,我生成了 10 个患者信息。我有一个 azure 帐户,我在其中设置了“Azure API for FHIR”服务。我完成了所有设置并尝试推送样本患者(如官方文档中所述)。我也可以通过患者 ID 检索患者信息。

但是,从 Synthea 生成的资源不仅仅是一种资源类型。它有许多条目,例如 Patient、Organization、Claim 等。所有内容都捆绑在一个资源下 - bundle

类似这样.. 但为患者提供了 100 多种资源类型。好在,它涵盖了患者的整个旅程。

{
  "resourceType": "Bundle",
  "type": "transaction",
  "entry": [
   .....
   {
    ....
   "resourceType": "patient"
    ....
    },
   {
    ....
   "resourceType": "organization"
    ....
    },
]
}

使用 post man 我尝试在下面插入这个带有 api 的包

https://XXXXXX.azurehealthcareapis.com/Bundle/

我能够插入多个捆绑包.. 但是,当我使用以下 api 查询患者时

https://XXXXXX.azurehealthcareapis.com/Patient/

未检索到所有患者信息。

这是我的问题。

  1. 逐包插入 - 这是正确的方法吗.. 或
  2. 按资源插入资源 .. Patient, Organization , Patient , Organization... 但这看起来毫无意义。因为,如果我需要找到患者的整个旅程,我将如何绘制它
  3. 有什么方法可以将每个捆绑包转换为 CSV 文件。我想提取信息并在其上运行机器学习模型。

【问题讨论】:

    标签: azure hl7-fhir fhir-server-for-azure


    【解决方案1】:

    当您需要在 FHIR 端点处理捆绑包时,您需要将其 POST 到 FHIR 服务器的根 /。这一切都在https://www.hl7.org/fhir/http.html#transaction 中进行了描述。

    也就是说,用于 FHIR 的托管 Azure API 目前仅支持“批处理”捆绑包。 Azure API for FHIR 目前支持捆绑类型 transaction

    使用 SQL Server 持久性提供程序部署时,batchtransaction在 OSS FHIR Server for Azure (https://github.com/Microsoft/fhir-server) 上均受支持。

    如果您想将 Synthea 生成的事务包转换为批处理包,则可以查看如下内容:https://github.com/hansenms/FhirTransactionToBatch

    【讨论】:

    • okies.. 我会将类型从事务更改为批处理并尝试插入数据。当你说 '/' 是 'XXXXXX.azurehealthcareapis.com' 吗?以及我应该如何从 csv 中获取详细信息。我将 pandas 用于机器学习模型。
    • 我也购买了 cosmos-db。有没有办法将此 fhir-server 与 cosmos-db 连接或将数据拉入 datalake 并使用 ML 模型进行处理?
    • 是的,通过 / ,我指的是 FHIR 服务器的根目录。我不确定如何在 csv 中获取详细信息是什么意思,如果您希望将 FHIR 转换为 csv,那么您需要处理 JSON 并根据您的需要将其展平。这不是 FHIR 服务中内置的。同样,要将数据输入 Cosmos 或任何其他系统,您需要进行一些处理。该服务支持 $export,也许这会有所帮助。
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