【发布时间】:2017-02-24 15:50:31
【问题描述】:
我怀疑这对我来说是一种混乱,但我正在使用 Luigi 和 Sciluigi 模块,它们在 init 返回“self”之前设置了许多关键参数。如果我在返回 self 后尝试对这些参数进行粗暴处理,Luigi.Parameter 对象会以这样一种方式掩盖它们,以至于我无法做我需要做的事情。
luigi 和 sciluigi 类(使用它们时)不包含 __init__。如果我尝试插入__init__ 或调用super(ChildClass, self).__init__(*args, **kwargs) ...我会收到奇怪的错误“意外参数”错误。
所以 Sciluigi 类看起来像这样......
class MyTask(sciluigi.task):
param1 = sciluigi.Parameter(default='Yes') #String only
param2 = sciluigi.Parameter(default='No') #String only
def out_target(self):
return sciluigi.TargetInfo(self, self.out)
def run(self):
with self.out_target().open('w') as foofile:
foofile.write('foo\n')
所以...我希望我可以通过 setattr PRIOR 动态设置一些参数,以便实际返回“自我”。但是 setattr 需要对象。
我希望我能做一些类似...
setattr(inspect.stack()[?][?], 'DynamicVar', sciluigi.Parameter(default='Yes') )
编辑:@Charles Duffy
嗯,我不确定哪些信息最有帮助。
第一个问题是;我无法添加初始化。实际代码如下,添加了__init__方法。如果我尝试运行它,我已经包含了结果错误。如果我对__init__ 运行超级调用,则其相同的错误是
class FileConverter(sciluigi.Task):
"""
"""
in_target = None # Mandatory
out = sciluigi.Parameter() # <file>
exepath = sciluigi.Parameter(default = "")
def __init__(self):
self.var = 'anything'
def out_target(self):
log.debug("In 'FileConverter.out_target'... ")
return sciluigi.TargetInfo(self, self.out)
def run(self):
result = None
command = ''.join([
self.exepath, _slash, "FileConverter ",
" -in ", self.in_target().path,
" -out ", self.out_target().path,
" -out_type ", self.file_type
])
log.info("RUNNING COMMAND: " + command)
result = self.ex(command)
log.info("result: " + result[1])
错误
2017-02-24 17:01:48 | WARNING | Will not run MyWorkflow(instance_name=sciluigi_workflow) or any dependencies due to error in deps() method:
Traceback (most recent call last):
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/worker.py", line 697, in _add
deps = task.deps()
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/task.py", line 572, in deps
return flatten(self._requires())
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/task.py", line 544, in _requires
return flatten(self.requires()) # base impl
File "/Library/Python/2.7/site-packages/sciluigi/workflow.py", line 105, in requires
workflow_output = self.workflow()
File "/Users/mikes/Documents/Eclipseworkspace/Bioproximity/OpenMS-Python-Luigi/site-packages/Bioproximity/sciluigi_tasks/PipelineTest1.py", line 33, in workflow
exepath = "/Applications/OpenMS-2.1.0/TOPP"
File "/Library/Python/2.7/site-packages/sciluigi/workflow.py", line 145, in new_task
newtask = sciluigi.new_task(instance_name, cls, self, **kwargs)
File "/Library/Python/2.7/site-packages/sciluigi/task.py", line 37, in new_task
newtask = cls.from_str_params(kwargs)
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/task.py", line 412, in from_str_params
return cls(**kwargs)
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/task_register.py", line 99, in __call__
h[k] = instantiate()
File "/Library/Python/2.7/site-packages/luigi/task_register.py", line 80, in instantiate
return super(Register, cls).__call__(*args, **kwargs)
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'instance_name'
第二个问题是:
如果我等待 self 返回,我将无法再区分(例如使用上面的代码)...
in_target = None # Mandatory
out = sciluigi.Parameter() # <file>
如果我执行type(out),类型报告参数只是一个字符串(不是 sciluigi.Parameter 对象)所以如果我尝试使用 `ìsinstance(out, sciluigi.Parameter)...它返回 False .
底线是:
我需要能够动态(以编程方式)设置 sciluigi.Parameter 对象,然后能够区分 sciluigi.Parameter() 对象变量(如out)和“真实” str() 对象(喜欢in_target)
我希望这是有道理的。
【问题讨论】:
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...klugefest,确实。您能否为人们提供足够的信息来重现您在尝试参数化构造函数时遇到的问题? (如果
sciluigi不是为了接受未知参数而构建的,那么这种事情是当然是可能的,但是有解决方法——其中一些可能意味着,例如,手动调用父构造函数而不是使用super())。 -
...也就是说:最好解决以正确方式做事时出现的问题,而不是发明一个凌乱的黑客。
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不是不能加
__init__。就是不能添加不带参数的__init__。