如何连接使用内存映射 IO 填充的两个 TIFF 文件答案

【问题标题】：How to join two TIFF files populated using memory-mapped IO如何连接使用内存映射 IO 填充的两个 TIFF 文件
【发布时间】：2019-12-20 11:17:46
【问题描述】：

我正在尝试编写一个 python 函数，它将在组合多个 TIFF 文件后输出单个 TIFF 文件。我有一个包含大量 TIFF 文件的文件夹，我正在尝试将每个 TIFF 文件合并到一个文件中。我必须将数据加载为 numpy 数组，并且还应该使用内存映射 IO 进行填充。

【问题讨论】：

图片应该如何组合？堆叠？缝合？
还有，到目前为止，您尝试了哪些方法，遇到了哪些问题？
图像应该堆叠起来，我一直在使用带有 memmap 的 Tifffile 库来创建一个空的 TIFF 文件，但我对如何将所有文件合并成一个文件有点困惑。不幸的是，我不太习惯使用这种类型的数据，所以我在尝试将所有内容组合在一起时遇到了麻烦。
我通常通过创建一个 3d numpy 数组来做到这一点，其中 z 轴是图像的数量，并在一个 z 层中切片每个图像。将结果保存为 tiff 就完成了。
你有如何做到这一点的例子吗？抱歉，我对如何遍历每个 TIFF 文件然后将它们全部组合到数组中的确切语法有点迷茫。

标签： python numpy tiff numpy-ndarray memory-mapped-files

【解决方案1】：

未经测试的示例，应该会给您一个想法：

from pathlib import Path
import numpy as np
import tifffile

my_path = Path(r'path/to/tiffs')
output = Path('output.tiff')

tiffs = list(my_path.glob('*.tiff'))

x,y = (512,512) # either hardcode or read from first tiff

output = np.zeros((len(tiffs), x, y))

for i, image in enumerate(tiffs):
    a = tifffile.imread(image.open(mode = 'rb'))
    output[i, :, : ] = a

tifffile.imsave(output.open(mode='wb'), output)

【讨论】：

您好，感谢您帮了大忙！我只是在保存 tiff 文件时遇到问题，因为我得到 errno 22，对此有什么想法吗？
在哪一行？这通常意味着，文件不存在或者你没有写权限。