【问题标题】:Optimal way to compute permutations in julia在 Julia 中计算排列的最佳方法
【发布时间】:2015-09-26 19:05:52
【问题描述】:

考虑一个列表[1,1,1,...,1,0,0,...,0](零和一的任意列表)。我们想要这个数组中所有可能的排列,会有binomial(l,k) 排列(l 代表列表的长度,k 代表列表中的数量)。

现在,我已经测试了三种不同的算法来生成所有可能的排列,一种使用循环函数,一种计算 通过计算区间数[1,...,1,0,0,...,0]的排列 到[0,0,...0,1,1,...,1](因为这可以看作是一个二进制数区间),以及使用字典顺序计算排列的一个。

到目前为止,前两种方法在排列为 大约32. 词典编排技术仍然很有效(只需几毫秒即可完成)。

我的问题是,专门针对 julia,这是计算的最佳方法 我之前描述的排列?我对组合学了解不多,但我认为下降基准是从binomial(l,l/2)@

的总数中生成所有排列

【问题讨论】:

  • “最佳方式”将取决于您的问题的约束(列表的最大大小是多少?lk 的值是否均匀分布?)以及您的考虑做到最好(最简单、最快或最直接?针对使用的总内存或 CPU 时间进行了优化?)。听起来您已经有了一个很好的解决方案。为什么不满意?
  • 其实kl的值是任意的。灵感是由费米子组成的物理系统。碰巧描述它的适当数学基础是(Fock 基础)[en.wikipedia.org/wiki/Fock_state],其维度为binomial(l,k),并且基础的成员是我给出的带有零和一的列表的一些排列。如果我没记错的话,一个很好的例子是l>>k,这个想法是有一个足够大的基础来模拟一个像样的物理系统(在fortran中,我做了类似~10^4基础维度的事情,或者速度较慢)。
  • 另一方面,我希望算法足够快以生成整个基础,并且如果可能的话,尽可能节省使用的内存。最后一个灵感是学习新的组合算法并朝这个方向挖掘,这是我想要真正探索的方向。

标签: algorithm julia combinatorics


【解决方案1】:

正如您在 cmets 中提到的那样,l >> k 的情况绝对是需要的。在这种情况下,我们可以通过在我们真正需要它们之前不处理长度为l 的向量来显着提高性能,而是处理这些向量的索引列表。

RAM-model中,下面的算法会让你遍历空间O(k^2)和时间O(k^2 * binom(l,k))的所有组合

但是请注意,每次从索引组合生成位向量时,都会产生O(l) 的开销,其中您还将获得Omega(l*binom(l,k)) 的下限(对于所有组合),并且内存使用量增长到Omega(l+k^2)

算法

"""
Produces all `k`-combinations of integers in `1:l` with prefix `current`, in a
lexicographical order.

# Arguments
- `current`: The current combination
- `l`: The parent set size
- `k`: The target combination size
"""
function combination_producer(l, k, current)
    if k == length(current)
        produce(current)
    else
        j = (length(current) > 0) ? (last(current)+1) : 1
        for i=j:l
            combination_producer(l, k, [current, i])
        end
    end
end

"""
Produces all combinations of size `k` from `1:l` in a lexicographical order
"""
function combination_producer(l,k)
    combination_producer(l,k, [])
end

示例

然后您可以按如下方式遍历所有组合:

for c in @task(combination_producer(l, k))
    # do something with c
end

注意这个算法是如何恢复的:你可以随时停止迭代,然后再次继续:

iter = @task(combination_producer(5, 3))
for c in iter
    println(c)
    if c[1] == 2
        break
    end
end

println("took a short break")

for c in iter
    println(c)
end

这会产生以下输出:

[1,2,3]
[1,2,4]
[1,2,5]
[1,3,4]
[1,3,5]
[1,4,5]
[2,3,4]
took a short break
[2,3,5]
[2,4,5]
[3,4,5]

如果你想从c 中得到一个位向量,那么你可以这样做,例如

function combination_to_bitvector(l, c)
    result = zeros(l)
    result[c] = 1
    result
end

其中l 是位向量的所需长度。

【讨论】:

  • 这个实现似乎不再有效(在 Julia 1.1 中测试)。特别是,produce 前段时间已弃用,我不知道它是如何被替换的。您能否至少为 Julia 1.0 更新此答案?
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