通过 MPI 点对点通信发送数组答案

【问题标题】：Sending array over MPI point to point communication通过 MPI 点对点通信发送数组
【发布时间】：2016-05-07 21:05:15
【问题描述】：

您好，我正在尝试通过 MPI 的点对点通信发送 2-dim 数组的边缘。

struct image {
    /* image data block */
    double **data; //2dim array

    /* boundaries */
    double *top;
    double *bot;
    double *left;
    double *right;

    /* dimensions */
    int width;
    int height;
};

每个节点都有自己的图像（相同的宽度和高度）以及应该接收交换数据的边界。每个节点都已经知道在哪里发送/接收数据。接收缓冲区（顶部，机器人，左，右）已经分配。不行的是我在交换过程中总是遇到分段错误。

这是我的批判方法：

void MPI_stencil_p_to_p(struct image *img, int *neighbours, MPI_Comm comm)
{
    int count = 0;

    for (int i = 0; i < 4; ++i)
    {
        if (neighbours[i] != MPI_PROC_NULL){
            count+=2;
        }
    }
    MPI_Status status[count];
    MPI_Request req[count];
    int count_tmp = count;
    for (int i = 0; i < 4; ++i)
    {
        if (neighbours[i] != MPI_PROC_NULL){
            count_tmp--;
            if (i == 0)
            {
                printf("%d: %d\n", ra, neighbours[i]);
                printf("works %d\n", ra);
                MPI_Isend(img->data[0], img->width, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                count_tmp--;
                MPI_Irecv(&img->top, img->width, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                continue;
            } else if (i == 2)
            {
                printf("%d: %d\n", ra, neighbours[i]);
                int len = img->height-1;
                MPI_Isend(img->data[len], img->width, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                count_tmp--;
                MPI_Irecv(&img->bot, img->width, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                continue;
            }

            MPI_Datatype col;
            MPI_Type_vector(img->height, 1, img->width, MPI_DOUBLE, &col);
            MPI_Type_commit(&col);

            if (i == 1)
            {
                printf("%d: %d\n", ra, neighbours[i]);
                MPI_Isend(&img->data[0][0], 1, col, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                count_tmp--;
                MPI_Irecv(&img->right, img->height, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
            } else
            {
                printf("%d: %d\n", ra, neighbours[i]);
                int len = img->width-1;
                MPI_Isend(&img->data[0][len], 1, col, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
                count_tmp--;
                MPI_Irecv(&img->left, img->height, MPI_DOUBLE, neighbours[i], TAG, comm, &req[count_tmp]);
            }
            MPI_Type_free(&col);
        }
    }
    if (MPI_Waitall(count, req, status) != MPI_SUCCESS)
        error_exit(EXIT_FAILURE, "MPI_Waitall");
}

谢谢你帮助我！

【问题讨论】：

标签： c mpi

【解决方案1】：

在不确切知道段错误发生的位置的情况下，我只是猜测错误在哪里。然而，每次有人问这样的问题，都是因为他们使用双指针构造了一个二维数组，并且没有密集的矩阵。 MPI 期望发送/接收连续数据，因此如果您尝试发送分配矩阵的多行，如下所示：

double **data;
data = malloc(sizeof(double) * n);
for (i = 0; i < n; i++) data[i] = malloc(sizeof(double) * m);

您会遇到问题，因为 data[0][m-1] 和 data[1][0] 不一定位于内存中的连续位置。

相反，在 MPI 中发送矩阵时，您需要将它们分配为一维数组并进行额外的数学运算，或者单独发送每一行。

【讨论】：