R中的模型语法：如何输入动态变量？

Question

我想在 for 循环中运行线性模型（在本例中为具有两个响应变量的多元模型），其中在每次迭代时都会创建一个名为 bc_applied 的新数据框，以及向量 @987654323 @。在我的代码中，列名"target1" 和"target2" 在每次迭代时都会发生变化，这意味着我不能显式编写变量名，而是想从向量targets 中提取它们。

这是一个例子：

targets <- c("target1","target2")
bc_applied <- data.frame("dsRNA" = c(rep("gene1",5),rep("gene2",5),rep("gene3",5)),
"target1" = runif(15), "target2" = runif(15))

但是在运行的时候

lm(bc_applied[,targets] ~ dsRNA, data = bc_applied)

返回如下错误：

Error in model.frame.default(formula = bc_applied[, targets] ~ dsRNA,  : 
  invalid type (list) for variable 'bc_applied[, targets]'

所需的输出由下式给出

lm(cbind(target1, target2) ~ dsRNA, data = bc_applied)

Answer 1

根据?lm

如果响应是矩阵，则线性模型通过最小二乘法分别拟合到矩阵的每一列。

使用cbind，它正在创建一个matrix。所以，我们需要一个带有matrix 的选项。使用列对数据集进行子集化后，将其转换为 matrix 和 as.matrix，它应该可以工作

lm(as.matrix(bc_applied[,targets]) ~ dsRNA, data = bc_applied)

-输出

#Call:
#lm(formula = as.matrix(bc_applied[, targets]) ~ dsRNA, data = bc_applied)

#Coefficients:
#             target1   target2 
#(Intercept)   0.45161   0.47457
#dsRNAgene2    0.36341   0.29226
#dsRNAgene3   -0.07115  -0.03003

---

或者另一种选择是使用paste创建一个公式

lm(paste0('cbind(', toString(targets),') ~ dsRNA'), data = bc_applied)

-输出

#Call:
#lm(formula = paste0("cbind(", toString(targets), ") ~ dsRNA"), 
#    data = bc_applied)

#Coefficients:
#             target1   target2 
#(Intercept)   0.45161   0.47457
#dsRNAgene2    0.36341   0.29226
#dsRNAgene3   -0.07115  -0.03003

或使用glue 创建formula

lm(glue::glue('cbind({toString(targets)}) ~ dsRNA'), bc_applied)

---

或者其他选项是

lm(do.call(cbind, asplit(bc_applied[, targets], 2)) ~ dsRNA, bc_applied)

---

与cbind交叉检查

lm(cbind(target1, target2)~ dsRNA, data = bc_applied)

-输出

#Call:
#lm(formula = cbind(target1, target2) ~ dsRNA, data = bc_applied)

#Coefficients:
#             target1   target2 
#(Intercept)   0.45161   0.47457
#dsRNAgene2    0.36341   0.29226
#dsRNAgene3   -0.07115  -0.03003