使用编译器包并抑制“全局变量没有可见绑定”答案

【问题标题】：Using compiler- package and suppress "No visible binding for global variable"使用编译器包并抑制“全局变量没有可见绑定”
【发布时间】：2014-08-07 04:02:15
【问题描述】：

我在 Ubuntu 14 上使用 R 3.0.2。我在代码中进行了一些繁重的计算，并尝试了带有

的“编译器”包

compilePKGS(enable=TRUE)
enableJIT(3)

而且它似乎加快了我的代码速度。很不错！

但是每次我的包启用“编译器”时，我都会收到很多类似

的注释

Note: no visible binding for global variable '.Data'

或与我自己的 S4 对象类似的东西（代码中的“obj@result”）：

Note: no visible binding for global variable 'result'

例如，它是自制 S4 对象的一部分。添加setCompilerOptions("suppressAll", TRUE) 或setCompilerOptions("suppressUndefined", TRUE)没有帮助。当我完全停用编译器包时，根本没有弹出任何注释，所以这可能是我对编译器包/jit的理解有问题？

我能做些什么来抑制这些音符？

编辑：

require(compiler)
compilePKGS(enable=TRUE)
enableJIT(3)



setClass(Class = "testobject", 
         slots = c( data     = "numeric",   
                    test     = "character", 
                    split    = "numeric",   
                    name     = "character"  
         )
)

a <- new("testobject", data=c(1,2,3,4), test="TEST", split=5, name="NAME")

for(i in a@data){
  print(i)
}

简单的例子产生

Note: no visible binding for global variable '.Data' 
Note: no visible binding for global variable '.Data'

在 ClassDefinition 调用之后直接

【问题讨论】：

如果你定义了.Data，你可以隐藏这些注释（例如在你的脚本开头添加.Data <- NULL）。我不完全确定为什么在这里发布它，所以也许其他人可以确认这是一个保存的事情。
是的，没错，我在 link 找到了类似的答案，但有趣的是，当我停用编译器或 jit(3) 时，这些消息不会出现。链接线程中的解决方法会在环境中创建变量。我认为那不适合打包吗？这感觉与编译器有关还是我错过了什么？谢谢你的帮助！ :)
@Marc 你有没有找到解决办法？
我在编译器包中遇到了同样的问题，它在 Spark pipe() 情况下使用它时出现在左侧字段中，我一直无法找到任何解决方案。

标签： r package

【解决方案1】：

您可以使用 R 隐藏这些注释

setCompilerOptions(suppressAll = TRUE)

没有必要单独取消“未定义”选项，取消“全部”即可。或者，您可以设置环境变量

export R_COMPILER_SUPPRESS_ALL=true （或在不同操作系统下类似）。

如果您只想抑制有关编译器未定义或似乎未定义的变量的警告，您可以这样做

setCompilerOptions(suppressUndefined=TRUE)

如果您只想对变量 .Data 执行此操作，您可以这样做

setCompilerOptions(suppressUndefined=".Data")。

注意，当你使用编译器来加速你的代码时，不需要启用包的编译，你需要做的就是启用 JIT。您可以像示例中那样从 R 中执行此操作，或者只是设置另一个变量

export R_ENABLE_JIT=3

要启用最激进的优化，您还可以设置

export R_COMPILER_OPTIMIZE=3

或从 R 运行 setCompilerOptions(optimize=3)

通过环境变量启用 JIT 编译时，您不必显式加载编译器包 - 它会自动完成。

【讨论】：

是的！谢谢你。我很惊讶我没有在其他地方看到suppressAll = TRUE，但这对我有用。
手册中介绍了设置编译器选项 (?setCompilerOptions)，新版本的 R 还将有一个示例以使其更清晰。

【解决方案2】：

你可以定义一个全局变量，例如

utils::globalVariables(".Data")

这将防止“全局变量没有可见绑定”注意。

这比抑制所有针对它的编译器消息具有优势；您不会抑制其他有用的编译器消息。

【讨论】：

如果你只想抑制这个特定的警告，预期的方法是通过 setCompilerOptions(suppressUndefined=".Data")。