在 R 中使用自动绘图（ggfortify）绘制主成分 3,4

【问题标题】：plotting principal components 3,4 using autoplot (ggfortify) in R在 R 中使用自动绘图（ggfortify）绘制主成分 3,4
【发布时间】：2017-12-16 01:39:04
【问题描述】：

我一直在尝试使用 autoplot（在 ggfortify R 包中）在 PCA 坐标中绘制数据点。对于数据矩阵 D2，

autoplot(prcomp(D2),colour=color_codes)

在主成分 1+2 的空间中生成点的散点图时效果很好。但是，PCA 组件 1+2 只解释了大约 30% 的协方差，我想对 PCA 1+3、2+3 和 3+4 等做同样的事情。autoplot 中是否有一个简单的参数可以让我这样做，如果没有，我可以使用什么最简单的功能来做到这一点？

另外，有没有办法使用自动绘图计算和添加质心？

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 pca ggfortify

【解决方案1】：

来自?autoplot.prcomp：
autoplot(object, data = NULL, scale = 1, x = 1, y = 2, ...)
其中：
x = principal component number used in x axis 和
y = principal component number used in y axis

因此，如果您需要绘制 PC2 与 PC3 并添加质心：

library(ggfortify)
set.seed(1)
D2 <- matrix(rnorm(1000),ncol=10)

prcmp <- prcomp(D2)
pc.x <- 2
pc.y <- 3
cnt.x <- mean(prcmp$x[,pc.x])
cnt.y <- mean(prcmp$x[,pc.y])
autoplot(prcmp, x=2, y=3) +
  geom_point(x=cnt.x, y=cnt.y, colour="red", size=5)

【讨论】：

谢谢。是否有任何用于查找/绘制质心的内置参数？
@Max “质心”是指在上面的图中添加一个或多个点并指定颜色？
是的-如果有两个或多个数据类（对应颜色编码），我想在PC坐标中绘制每个数据类的质心。