ggfortify 中的自动绘图 - 仅绘制 PCA 的一些值

【问题标题】：autoplot in ggfortify - only plotting some values for PCAggfortify 中的自动绘图 - 仅绘制 PCA 的一些值
【发布时间】：2022-07-08 23:02:27
【问题描述】：

我正在关注此文档 (https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html) 在 iris 数据集上运行 PCA。

library(ggfortify)
df <- iris[1:4]
pca_res <- prcomp(df, scale. = TRUE)

autoplot(pca_res, data = iris, colour = 'Species')

我运行了上面的代码，得到了三个按物种着色的集群。我只想绘制一个特定的物种。在这种情况下，我怎样才能只绘制物种是 setosa 的地方？

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 ggfortify

【解决方案1】：

由于autoplot 返回的对象是ggplot 对象，一种选择是手动过滤传递给底层geom_point 的数据。在您的情况下，这非常简单，因为ggplot 只有一层，我们可以通过p$layers[[1]] 访问该层，而用于该层的数据可以通过p$layers[[1]]$data 访问。

library(ggfortify)
#> Loading required package: ggplot2

df <- iris[1:4]
pca_res <- prcomp(df, scale. = TRUE)

p <- autoplot(pca_res, data = iris, colour = 'Species')

p$layers[[1]]$data <- p$layers[[1]]$data[p$layers[[1]]$data$Species == "setosa", ]

p

【讨论】：