无法在 R 中使用 system() 运行程序答案

【问题标题】：Cannot run program using system() in R无法在 R 中使用 system() 运行程序
【发布时间】：2021-06-20 09:15:14
【问题描述】：

我正在尝试使用 system() 在 R 脚本中从包 deepTools 运行 computeMatrix。

以下命令会收到此错误消息。

system('computeMatrix --help')

sh：computeMatrix：找不到命令
警告信息：
在系统中（“computeMatrix --help”）：运行命令出错

但是，如果我在终端中运行相同的命令，一切正常。

sessionInfo()

R 版本 4.0.4 (2021-02-15)
平台：x86_64-apple-darwin17.0（64位）
运行于：macOS Big Sur 10.16
矩阵产品：默认
LAPACK：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

【问题讨论】：

在终端中运行命令时，它在交互式外壳中运行。这与直接运行命令非常不同——主要是因为它为 shell 加载配置文件，这些文件通常负责设置环境变量，例如 PATH，这会改变 shell 查找可执行文件的方式。
有没有简单的方法告诉 R 在哪里寻找程序或在 R 中以与终端相同的方式对其进行初始化？
打开终端窗口，输入which computeMatrix，将可执行文件的完整路径复制到system 命令中。
@samu 您可以在子shell 中执行命令。但通常你不想这样做；相反，您希望在启动 R 时正确设置 PATH。那么：R 是如何推出的？
@user12728748 这是一个非常糟糕的主意。永远不要硬编码绝对路径（/usr/bin/env 和 /bin/sh 是极少数例外中的两个）。这样做只会导致维护代码并使其在其他系统（或将来的同一系统）上运行时出现问题。

标签： r macos command-line

【解决方案1】：

这是在 Ubuntu 20.04 中运行的。
运行系统命令的推荐方式是使用system2，而不是system。参数在向量args 中传递。在这种情况下，args 是一个长度为 1 的向量，但如果有多个参数，则将它们传递为

args <- c("arg1", "arg2", etc)

此命令按预期工作。

cmd <- "computeMatrix"
args <- "--version"
system2(cmd, args)
#computeMatrix 3.3.2

sessionInfo()
#R version 4.0.4 (2021-02-15)
#Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#Running under: Ubuntu 20.04.2 LTS
#
#Matrix products: default
#BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0
#LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0
#
#locale:
# [1] LC_CTYPE=pt_PT.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
# [3] LC_TIME=pt_PT.UTF-8        LC_COLLATE=pt_PT.UTF-8    
# [5] LC_MONETARY=pt_PT.UTF-8    LC_MESSAGES=pt_PT.UTF-8   
# [7] LC_PAPER=pt_PT.UTF-8       LC_NAME=C                 
# [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
#[11] LC_MEASUREMENT=pt_PT.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

#attached base packages:
#[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#
#loaded via a namespace (and not attached):
#[1] compiler_4.0.4

【讨论】：