通过 system() 执行外部程序无法正常运行答案

【问题标题】：Executing external program via system() does not run properly通过 system() 执行外部程序无法正常运行
【发布时间】：2009-10-23 09:56:57
【问题描述】：

我尝试通过调用 system() 调用中的命令从我的代码中调用程序（ncbi blast，对于那些需要知道的人）。

如果我直接在 shell 中执行字符串，它会按预期工作，但如果我通过 system() 尝试相同的字符串，程序会更快地返回，但没有预期的结果。输出文件已创建，但文件大小为 0。返回的错误代码也为 0。我什至尝试附加 "> output.log 2> error.log" 但未创建这些文件。

我猜它与环境变量或路径有关......

输出文件名是通过 -o 命令行参数给出的，而不是输出重定向。

我读到一些关于 popen 命令可能更适合我的用例的内容，但我找不到它，它来自哪个库？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

此类问题的最常见原因是~/.bashrc 中的环境变量设置不正确。

你应该可以通过执行看到ncbi对什么不满

$SHELL -c '<exact string you pass to system()>'

另一种常见的调试方法是使用strace。执行：

strace -fo /tmp/strace.out ./myProgram

并在/tmp/strace.out 中寻找线索。

【讨论】：

【解决方案2】：

你有什么理由不想fork和exec？这是从另一个进程执行一个进程的常用习惯用法。

【讨论】：

【解决方案3】：

popen 在标准 C 库中 See the man page

【讨论】：

谢谢。不幸的是，用类似的 popen() 调用交换 system() 并没有产生预期的结果。使用 popen()，我尝试查看可能的错误消息或任何输出，但没有成功。
出于兴趣，您不能直接调用该程序有什么原因吗？我用谷歌搜索了你提到的程序，不能说这是我的领域！
如果 system() 不起作用，那么使用 popen() 将无法解决问题。如果它确实与 system() 一起工作，那么交换到 popen() 可能会更好。
@Chris：我正在编写一个包装程序，它执行参数扫描和类似的操作，多次调用 blast。

【解决方案4】：

一些简单的问题：

从您的终端精确复制和粘贴比英文描述更可取。

【讨论】：