重新排序表达式集中的样本 (R)答案

【问题标题】：Reorder Samples in Expression Set (R)重新排序表达式集中的样本 (R)
【发布时间】：2013-01-15 02:51:29
【问题描述】：

我正在尝试生成一些基因表达数据的热图。目前，我想可视化的数据存储在表达式集数据类型中，但是样本没有正确分组；也就是说，控制样本和实验样本没有组合在一起。这是一个简短的工作流程：

output <- //analysis of raw data eset
someGenes <- eset [output$Table1, ]
heatmap(exprs(someGenes))

基本上，我想在绘图之前重新排列 eset 中的样本。我试图将样本名称视为“列”，但无法更改它们在 eset 中的位置。我对 R 很陌生，所以任何和所有的帮助都将不胜感激。

这里是表达式集数据类型的链接供参考：http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/Biobase/html/class.ExpressionSet.html

非常感谢。

【问题讨论】：

标签： r plot bioinformatics

【解决方案1】：

对于一个可重现的示例，我们加载 Biobase 和样本数据

library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)

然后看看我们有什么：

> sample.ExpressionSet
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 500 features, 26 samples 
  element names: exprs, se.exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: A B ... Z (26 total)
  varLabels: sex type score
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: hgu95av2

我们可以像矩阵一样对 ExpressionSet 进行子集化，例如使用索引或sampleNames，例如，通过从当前样本名称的洗牌创建列索引cidx

cidx = sample(sampleNames(sample.ExpressionSet))

cidx 只是一个字符向量。然后我们用

重新排序列

> sample.ExpressionSet[, cidx]
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 500 features, 26 samples 
  element names: exprs, se.exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: Q C ... B (26 total)
  varLabels: sex type score
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: hgu95av2

因此，您在绘图之前已对列重新排序。但是默认情况下，热图会根据样本之间的“距离”对样本进行聚类。因此，重新排序样本并不重要，热图会计算出相同的距离，并绘制相同的热图。您可能需要image，或提供参数Colv（参见?heatmap）或在gplots 包中使用heatmap.2，或者...希望对您有所帮助。

【讨论】：

完美！非常感谢您的帮助 - 非常感谢。