如何将 Ensembl .gff3 转换为 12 列 .bed

Question

我正在尝试使用来自 RSeQC 的geneBody_coverage.py 脚本，它需要一个制表符分隔的 12 列 .bed 文件作为参考。为此，我使用 gff2bed 脚本将 .gff3 文件从 Ensembl 转换为 .bed 格式。当我运行它时，我只会收到错误消息，通知我文件不是 12 列格式。一位同事告诉我，他还尝试在 Ensembl 文件上使用 gff2bed，但格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗？

我用不同的 .gff3 Ensembl 文件尝试了同样的事情，结果相同。我也尝试过 gtf2bed，结果相同。

Answer 1

我想通了。我使用了 gff3ToGenePred，然后是来自 UCSC 实用程序的genePredToBed 工具。这会输出一个 12 列的 .bed。