将多个 BAM 文件转换为 BED 文件

【问题标题】：converting multiple BAM files to BED files将多个 BAM 文件转换为 BED 文件
【发布时间】：2021-02-27 18:54:36
【问题描述】：

我在外部硬盘驱动器中有 BAM 文件。想把它们变成 BED。正在使用

cd /media/amit/LaCie/mdc_work/chigozie/pool1/bam
for x in *.bam ; do
    echo "print current:$x";
    bedtools bamToBed -i "$x" > "${x%.bam}.bed";
done
echo "done"

它在目录中写入 BED 文件，但它们都是空的。我的 BEDtools 安装在

/home/amit/miniconda3/bin/bedtools

谁能告诉我哪里出错了？问候。

【问题讨论】：

交叉发布：biostars.org/p/473555：命令应该是bamtobed。

标签： shell bioinformatics bam bedtools

【解决方案1】：

空的bed 文件可能是由没有读取的bam 文件引起的。由于标题，bam 文件的文件大小仍可能不为零。使用samtools查找bam文件中的读取次数：

samtools view -c input.bam

或sambamba:

sambamba view -c input.bam

这应该将bam 文件中的读取次数输出到STDIN。这两个都可以使用conda 安装，例如：

conda create -n my_env_name samtools sambamba

【讨论】：