如何使用 papaja R 包进行 glht 输出？答案

【问题标题】：How to use the papaja R package for glht output?如何使用 papaja R 包进行 glht 输出？
【发布时间】：2020-11-03 17:37:32
【问题描述】：

按照instructions，我想出了以下内容：

library(papaja)
library(datasets)
library(stats)
library(multcomp)


bla <- glm('MPG.highway ~ DriveTrain*Origin',data = Cars93)
contrast.matrix <- rbind('main' = c(0,1,0,0,0.5,0), 'int' = c(0,0,0,0,1,0))
blac <-  glht(bla, linfct = contrast.matrix)
apa_print.glht(blac,test = multcomp::adjusted())
apa_print.summary.glht(summary(blac,test=adjusted(type="bonferroni")))

这不起作用： “不能对不存在的列进行子集化。 x 列 p.value 不存在。"

有更好的想法吗？或者由于该软件包是实验性的，它根本不起作用？关于如何将 glht 的输出打印到由 knitr 生成的 htlm 文档的提示也被接受。

【问题讨论】：

标签： r papaja

【解决方案1】：

apa_print.glht()注释的文档

这些方法未经适当测试，应视为实验性方法。

似乎有一些上游更改导致此方法失败。对此感到抱歉，但it should now be fixed。请尝试安装papaja 的最新开发版：

remotes::install_github("crsh/papaja@devel")

apa_print(blac,test = multcomp::adjusted())

【讨论】：

感谢您的建议！我现在收到一条不同的错误消息，可能与我正在尝试调试的 papaja 安装有关（所以我喜欢你的回答，但还不能接受）。
您遇到什么错误？你用的是最新版的papaja吗？
我现在安装了最新版本：packageVersion('papaja') [1] ‘0.1.0.9997’，错误信息和之前一样：Can't subset columns that don't exist. x Column p.value doesn't exist.
emm() 函数不是为这样使用而设计的。它应该用于在 glht() 调用中生成 linfct 参数的对比矩阵。如果对比矩阵已经是你想要的，你不应该调用 emm() st all。
我们现在已将适当的修复推送到 GitHub。

【解决方案2】：

安装最后一个开发者后。 papaja 版本，并使用“emmeans”对象运行 apa_print，在我的情况下也会出现同样的错误：

错误：无法对不存在的列进行子集化。 x 列 p.value 不存在。

【讨论】：