R、ANCOVA 中的 TukeyHSD 或 glht答案

【问题标题】：TukeyHSD or glht in R, ANCOVAR、ANCOVA 中的 TukeyHSD 或 glht
【发布时间】：2017-11-04 02:39:08
【问题描述】：

我想知道我是否可以使用函数“TukeyHSD”来执行“aov()”模型与一个因子（例如，GROUP）和一个连续协变量（例如，AGE）的所有成对比较。例如，我做了：

library(multcomp)
data('litter', package = 'multcomp')
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)
TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')

我收到这样的警告消息：警告信息： In replications(paste("~", xx), data = mf): non-factor ignored: gesttime

上述过程是否正确？警告信息的含义是什么？ “TukeyHSD”是否适用于严重不平衡的设计？

另外，上面和下面的流程有区别吗？

litter.mc <- glht(litter.aov, linfct = mcp(dose = 'Tukey'))
summary(litter.mc)

最好的，苏

【问题讨论】：

请参阅?TukeyHSD 帮助页面说明：“...因子水平的均值与指定的家庭覆盖概率之间的差异。”

标签： r posthoc tukey

【解决方案1】：

没有区别。 TukeyHSD() 只是更渴望告诉你潜在的问题。请注意，这是一条警告消息，而不是错误，这意味着结果可能不是您所期望的，但它们仍会返回，以便您自己判断。

至于什么意思，就如它所说：非因子变量被忽略。请记住，您是在比较组之间的差异，并且分组是使用因子完成的，因此因子都是TukeyHSD() 关心的。在您的情况下，您明确告诉该函数只关心dose，这是一个因素，因此警告可能被视为过于谨慎。

避免警告的一种方法是将gesttime 转换为因子，由于它仅包含四个级别，因此这样做是有意义的。

data('litter', package = 'multcomp')
litter$gesttime <- as.factor(litter$gesttime)
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)

TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')

【讨论】：