【问题标题】:"rgdal" installation failed on ubuntuubuntu 上的“rgdal”安装失败
【发布时间】:2016-03-10 08:47:33
【问题描述】:

我使用 travis 检查我的 R 包,它基于 ubuntu 的虚拟机。我的依赖项之一是来自 CRAN 的 rgdal,它无法在 travis 上正确安装。

首先它说:

ERROR: dependencies ‘rgdal’ is not available for package ‘my package’

我按照here的指令,然后是无穷无尽的依赖,我一个一个安装,按照每次试用的指令。最后我安装的包如下:

  libproj-dev
  libcurl4-gnutls-dev
  libdap-dev
  libgdal-dev
  libgdal1h
  libhdf5-dev
  libhdf5-serial-dev
  libgdal-dev
  libgdal1-dev

它说我还需要安装libhdf5-7 = 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1

但是当我安装包 libhdf5-7 = 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1 时,它给出了另一个错误:

E: Unable to locate package 
E: Unable to locate package 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1
E: Couldn't find any package by regex '1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1'

现在似乎没有更多的解决方案了。

我想知道如何在 travis 上解决此问题?这是仅在 travis 虚拟机上的常见问题,还是可能在任何 ubuntu 机器上发生?还是包rgdal ubuntu 有问题?`

背景:

我上面的所有安装都使用了 travis 的apt-packages,travis 解释如下:

apt_packages: A list of packages to install via apt-get. Common examples here include entries in SystemRequirements. This option is ignored on non-linux builds

【问题讨论】:

    标签: r linux ubuntu travis-ci rgdal


    【解决方案1】:

    从本周开始,您可以选择在 Travis 上使用 Ubuntu 14.04:

    在这种情况下切换到 14.04 可能就足够了。如果没有,还请注意您可以准备自己的 .deb 包。我从今年夏天提到了这个in an blog post。

    由于地理空间包有点涉及,这可能是你最好的。您需要知道如何构建 Debian 软件包,以及如何使用 Launchpad 为您自动构建它们。这两个主题都有很多教程。

    【讨论】:

    • 非常感谢~我已经转移到新平台了......但它仍然显示相同的信息......我现在正在学习你的详细教程。我个人只是好奇一点,rgdal作为一个R包,应该会自动指示系统安装所有依赖,为什么还要手动安装?
    • 然后你需要重建有问题的包以使其适合。没办法,抱歉。
    • 自 2016 年 8 月起,您可以指定 Trusty 环境(sudo: required 和 dist: trusty),libhdf5-7 可用并安装
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