如何使用 R 将大型 igraph 子集化为一个节点及其连接的节点？答案

【问题标题】：How to subset a large igraph to just one node and its connected nodes using R?如何使用 R 将大型 igraph 子集化为一个节点及其连接的节点？
【发布时间】：2018-09-23 09:15:02
【问题描述】：

我在 R 中有一个非常大的 igraph（称为 g）。

我只对一个节点 (NodeA) 以及直接连接到 NodeA 的任何节点感兴趣。我想最终得到一个非常简单的图表，如下图所示。

我已经尝试过 subgraph(g, "nodeA") 但我最终只得到了 NodeA。

我认为我需要将图 g 的边子集化为连接到 nodeA 的边，然后使用 subgraph.edges()。我不知道如何根据连接到的节点对边缘进行子集化...

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

尝试使用neighbors()

# Example graph
g1 <- graph_from_literal(1:2:3---3:4:5)

# Let's take a look at it
plot(g1)

# Say we are interested in the subgraph consisting of vertex 1 and all
# other vertices it is connected to

g2 <- induced_subgraph(g1, c(1, neighbors(g1,1)))
plot(g2)

【讨论】：

谢谢。这种方法，（以及thelatemail 制作下面的自我图的方法）子集到邻居节点。尽管 make_ego_graph 方法具有更大的灵活性，但我发现邻居方法更容易理解。我还想摆脱邻居之间的边缘（例如在 3-4 和 3-5 之间）。为此，我最终使用了上面的邻居方法，然后使用了 delete_edges 方法。首先找到感兴趣的节点名称然后... not_node_indices

【解决方案2】：

?make_ego_graph 应该这样做，如果order=1：

g <- make_graph(c(1, 2, 2, 3, 3, 4, 5, 6), directed = FALSE)
V(g)$name <- letters[1:6]
g
#IGRAPH  UN-- 6 4 -- 
#+ attr: name (v/c)
#+ edges from 657f0a0 (vertex names):
#[1] a--b b--c c--d e--f

make_ego_graph(g, order=1, nodes=2)
#[[1]]
#IGRAPH UN-- 3 2 -- 
#+ attr: name (v/c)
#+ edges from 69681da (vertex names):
#[1] a--b b--c

【讨论】：