如何让 igraph 停止因大图而崩溃？

Question

我正在使用 igraph 中的一个相当大的网络（大约 200,000 条边）。我正在计算接近中心性（谐波中心性）的一个版本，如下：

#Create igraph network object:
g <- graph.edgelist(as.matrix(d), directed = FALSE)
g <- simplify(g)

#Normalized harmonic centrality:
h <- 1/(shortest.paths(g))
h[!is.finite(h)] <- 0
h <- (colSums(h)/gorder(h))

但是，这会使 R 崩溃。事实上，任何应用于整个网络的网络度量都会导致 R 崩溃。我可以毫无问题地使用最大的连接组件（约 7,000 条边），但不能使用整个网络。我正在使用谐波中心性（而不是 igraph 的内置中心性度量），因为它更适合断开连接的图。

我正在尝试解决此问题。一种选择是将网络拆分为其组成部分，然后运行我的谐波中心性测量。但尝试后：

decompose.graph(g)

R 再次崩溃。我通常在 R Studio 中工作，但我也在香草、非 GUI R 中尝试过这个；但结果相同。

有人对我如何解决这个问题有任何建议吗？

Answer 1

大图占用大量内存。因此，首先您的操作系统必须是 64 位，如果您的内存不足，您可能需要使用虚拟内存并增加 Swapfile 大小。