h5read 因大字符串而崩溃答案

【问题标题】：h5read crashes with large stringsh5read 因大字符串而崩溃
【发布时间】：2014-05-30 16:06:58
【问题描述】：

我有一个使用rhdf5 包编写的hdf5 文件。 h5ls(myHDF5,all=TRUE)的输出如下：

  group      name       otype  dclass       dim
0     /     char5 H5I_DATASET  STRING   1867124
1     /     char6 H5I_DATASET  STRING   1867124
2     /     char7 H5I_DATASET  STRING   1867124
3     /      dims H5I_DATASET INTEGER         2
4     /   headers H5I_DATASET  STRING       212
5     /       int H5I_DATASET INTEGER 233390500
6     /  intorder H5I_DATASET INTEGER       125
7     /      real H5I_DATASET   FLOAT 156838416
8     / realorder H5I_DATASET INTEGER        84

如果我在myHDF5 文件中读取headers 对象，它是一个字符串向量，如下所示：headers<-h5read(myHDF5,"headers")，它工作正常。

但如果我尝试读取更大的字符串向量，如下所示：char5<-h5read(myHDF5,"char5") 然后 R 崩溃（R Studio 重新加载）。

较大的字符串数组char5之前存储如下：

nr<-length(char5)
mxsize<-max(nchar(char5))  
h5createDataset(myHDF5,"char5",storage.mode="character",level=9,dims=nr,chunk=10000,size=mxsize)
h5write(char5,myHDF5,"char5)

而较小的字符串数组 headers 之前存储如下：

nc<-length(headers)
mxsize<-max(nchar(headers))  
h5createDataset(myHDF5,"headers",storage.mode="character",level=9,dims=nc,chunk=nc,size=mxsize)
h5write(headers,myHDF5,"headers")

主要区别在于使用的chunk 大小值。我将较大字符串向量的chunk 大小更改为与dims 相同，即chunk=nr，R 仍然崩溃。

为什么可能是 R 崩溃的原因？

注意：如果我从 myHDF5 文件中读取整数或浮点数据，R 不会崩溃。

【问题讨论】：

直接运行 R 而不是通过 RStudio 会发生什么？
不幸的是同样的事情。
@CarlWitthoft，对不起，我对我之前的评论感到不好。我通过 RScript 直接运行 R，它运行良好（我重复了它），但 RStudio 每次都崩溃。你能帮忙吗？
在这种情况下，将问题发布到 RStudio 论坛。
@CarlWitthoft，谢谢。我就是这么做的

标签： r hdf5

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。一个简单的解决方案，虽然不完美，但使用包“h5r”：

library(h5r)

f <- H5File(h5FilePath)
g <- getH5Group(f, "/")
d <- getH5Dataset(g, "stringArray")[]

【讨论】：