igraph 对象可以有有向边和无向边吗？答案

【问题标题】：Can an igraph object have directed and undirected edges?igraph 对象可以有有向边和无向边吗？
【发布时间】：2020-12-09 18:37:21
【问题描述】：

我正在尝试使用 igraph/ggraph 绘制一个网络，其中一些边是有向的，而另一些则不是。

我的边缘列表中的一个小例子。在这里，我想将蛋白质位点边缘表示为无向，将磷酸化边缘表示为有向。

df <- data.frame(
  stringsAsFactors = FALSE,
              from = c("RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3"),
                to = c("RPS6KA3_Y529-p",
                       "RPS6KA3_S227-p","RPS6KA3_S369-p","RPS6KA3_T577-p","ATF4"),
            action = c("protein-site","protein-site",
                       "protein-site","protein-site","phosphorylation")
)

我已尝试对无向边进行子集化并指定它们，但没有奏效：

library(igraph)
nw <- graph_from_data_frame(df)

E(nw)[E(nw)$action == "protein-site"] <- as.undirected(subgraph.edges(nw, E(nw)[E(nw)$action == "protein-site"] ))

还有人有其他建议吗？正如我所说，我真的只想绘制这个（使用 ggraph）。

谢谢！

【问题讨论】：

这只是一个可视化问题吗？还是您想用这样的图表做某事？

标签： r graph igraph ggraph

【解决方案1】：

如果您愿意使用igraph 进行绘图，您可以按照指示导入边列表，然后使用edge.arrow.mode。

nw <- graph_from_data_frame(df, directed = T)


plot(nw)

plot(nw,
     edge.arrow.mode = ifelse(E(nw)$action=="protein-site", "-", ">"))

我不确定ggraph 是否支持类似的东西。我认为可以更改箭头的大小，并将其设置为 0 用于无向边。这不起作用，因为箭头继承了边缘其余部分的样式。

【讨论】：