snakemake：在另一个规则上以错误模式处理规则连接

Question

我需要在同一个蛇文件中运行两条规则（gatk_Mutect2 和 gatk_IndelRealigner）。

如果将这些规则放在不同的蛇文件中，我可以毫无错误地运行它们。

我使用两个输入函数（get_files_somatic 和 get_files）。两者都使用案例名称作为字典键。 （每个案例都有一个正常的）。 当我将这些规则放在同一个蛇文件中时，snakemake 会尝试在gatk_IndelRealigner 的输入上查找法线的 id。

我的问题是：如何管理两条规则的歧义？我的意思是我希望蛇类不要尝试连接这两条规则。

def get_files_somatic(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    return ["{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case),"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(control)]

rule all:
    input: expand("{sample}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",sample=create_tumor()),
           expand("Results/vcf/{case}.vcf",case=create_tumor()),

include_prefix="rules"

include:
    include_prefix + "/gatk2.rules"
include:
    include_prefix + "/mutec2.rules"


rule gatk_Mutect2:
    input: get_files_somatic,
    output: "Results/vcf/{case}.vcf",
    params:
    log: "logs/{case}.mutect2.log"
    threads: 8
    shell:

rule gatk_IndelRealigner:
    input:
        get_files,
    output:
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bai",
    params:
    log:
        "mapped_reads/merged_samples/logs/{case}_indel_realign_2.log"
    threads: 8
    shell:

def get_files(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    wildcards.control = control
    return ["mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(case), "mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(control),"mapped_reads/merged_samples/operation/{}_{}.realign.intervals".format(case,control)]

Answer 1

我不确定我是否真的理解您的问题。例如，我不明白您所说的“每个案例都有一个正常”。

但是我可以看到gatk_IndelRealigner ("{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam") 的输出恰好与get_files_somatic ("{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case), 其中case 是wildcards.case) 的结果之一相同。

这就是gatk_Mutect2 被“连接”到gatk_IndelRealigner 的原因。

snakemake的本质是根据输入输出匹配文件名来连接规则。

如果您不想将这两个规则链接起来，则需要有不同的文件名。